Utilizo el módulo v.extract grass.run_command('v.extract', input=UH, output=centroids, t overwrite='True', stdout = DEVNULL, stderr = DEVNULL)
cuando comparo el resultado con el resultado del cálculo con QGIS noto algunas diferencias. 
rojo : GRASS v.extract, azul : QGIS. Uno de mis colegas observó lo mismo con su propio shapefile. El módulo SAGA (Polygon centroids) da el mismo resultado que QGIS. Parece que el cálculo de v.extract no es correcto.
Probaría v.centerpoint https://grass.osgeo.org/grass72/manuals/addons/v.centerpoint.html con el valor por defecto acenter=mean . v.extract y v.centroid probablemente están creando puntos que son más como puntos sobre la superficie, no precisos pero que garantizan estar dentro del polígono, ver comentarios en https://trac.osgeo.org/grass/ticket/1654 .
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También he probado v.centroids que devuelve el mismo resultado que v.extract. Voy a probar v.centerpoint pero me gustaría saber por qué hay tanta diferencia entre todos los resultados.
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Gracias, italic_v.centerpoint_italic da un resultado aceptable. Pero sólo lo he encontrado para GRASS 7. Hay programas que usan GRASS 6 que no se pueden actualizar a GRASS 7. Parece que no hay soluciones para estos.
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Por favor, defina "Parece que el cálculo de v.extract no es correcto". - ¿a qué se refiere?
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He añadido otra captura de pantalla a mi pregunta donde podemos ver que las cruces rojas son centroides calculados con v.centroids y las cruces azules con v.centerpoint (los polígonos son derivados de raster y procesos especiales y son muy "irregulares"). Las cruces azules son más "centrales", corresponden mejor a lo que esperamos (para los objetivos de modelización). Me gustaría saber por qué los resultados son tan diferentes.
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Entonces, ¿quieres tener el centroide en el baricentro? Esto no es una condición para poner centroides: piense en una forma de "plátano" - el baricentro puede estar fuera del plátano pero un centroide estilo SIG debe permanecer dentro. Por lo tanto, no es necesariamente lo mismo. [o sigo sin entender tu problema].
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El problema es que todos los módulos (GRASS- v.centroide QGIS, SAGA- Centroides de los polígonos ) declaran el cálculo del centroide y dan centroide o baricentro.
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Como ya se ha dicho, centroide = baricentro (véase un ejemplo en mi último comentario). Si necesitas los baricentros tienes que utilizar el algoritmo adecuado para ello (ver respuesta más abajo).