Me gustaría automatizar algunos de mis cálculos, y estoy buscando una herramienta para generar razonable inicial de geometrías.
Los detalles: ya he optimizado geometrías moleculares, y me gustaría realizar cálculos de diferentes versión sustituida de la molécula. Debido a que el tamaño del sistema, tendría sentido mantener el ya optimizado la geometría y el intercambio por ejemplo, seleccionados de átomos de H a algunos R1, R2 grupos. Es allí cualquier biblioteca que puede manipular geometrías 3D de esta manera?
Soy consciente de que puedo hacer cosas similares con mucho software gráfico (GausView etc). Sin embargo, el punto sería la automatización: una herramienta de línea de comandos o en una biblioteca o algo similar que me pueden llamar a partir de secuencias de comandos de Python, en lugar de me hacer clic en las cosas en una pantalla de uno en uno.
También soy consciente de que puedo generar la geometría 3D a partir de 2D o tal. Sin embargo, me gustaría mantener el optimizado ya que la parte principal de la molécula (que puede ser bastante grande), para obtener más eficiente de los cálculos, y la inserción de nuevos grupos. Yo appreaciate cualquier ayuda, gracias.
