He revisado tu proyecto y encontré un par de errores de polígono, utilizando la herramienta Check Validity (en Processing, bajo los Geoalgoritmos de QGIS). Eso proporciona mensajes de error más detallados que el complemento de comprobación de topología. También divide tu capa en geometrías válidas e inválidas.
El complemento de comprobación de topología comprueba muchas cosas, pero no parece dar una razón más detallada de POR QUÉ una geometría es inválida.
Al mirar la capa de "Salida no válida", dos de los distritos tienen los siguientes errores:-
El anillo 0 tiene menos de 4 puntos
Quizás quieras intentar ejecutar v.clean (desde Processing, en lugar de la interfaz de usuario de GRASS). Suelo usar processing cuando puedo, ya que maneja gran parte de la configuración (proyecciones, regiones) por ti.
Después de ejecutar v.clean con la configuración predeterminada, y luego ejecutar el comprobador de topología en la salida, las geometrías aparecen como limpias.
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Después de ejecutar esta corrección, soluciona los errores Duplicados...
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