De hecho, no hay nada malo con el teorema de Noether aquí, $J^\mu = F^{\mu \nu} \partial_\nu \Lambda$ es una conserva de corriente para cada elección de la lisa función escalar $\Lambda$. Esto puede ser demostrado por inspección directa, ya que
$$\partial_\mu J^\mu = \partial_\mu (F^{\mu \nu} \partial_\nu \Lambda)=
(\partial_\mu F^{\mu \nu}) \partial_\nu \Lambda+ F^{\mu \nu} \partial_\mu\partial_\nu \Lambda = 0 + 0 =0\:.$$
Anteriormente, $\partial_\mu F^{\mu \nu}=0 $ debido a las ecuaciones de campo y $F^{\mu \nu} \partial_\mu\partial_\nu \Lambda=0$ porque $F^{\mu \nu}=-F^{\nu \mu}$, mientras que de $\partial_\mu\partial_\nu \Lambda =\partial_\nu\partial_\mu \Lambda$.
ADDENDUM. Muestro aquí que $J^\mu$ surge de la norma teorema de Noether. La correspondiente simetría de la transformación, para todos los fijos $\Lambda$, es
$$A_\mu \to A'_\mu = A_\mu + \epsilon \partial_\mu \Lambda\:.$ $ , Enseguida se ve que
$$\int_\Omega {\cal L}(A', \partial A') d^4x = \int_\Omega {\cal L}(A, \partial A) d^4x\tag{0}$$
ya que incluso ${\cal L}$ es invariante. Por lo tanto,
$$\frac{d}{d\epsilon}|_{\epsilon=0} \int_\Omega {\cal L}(A, \partial A) d^4x=0\:.\tag{1}$$
Cambiar el símbolo de derivada y de la integral (asumiendo $\Omega$ acotada) y la explotación de Euler-Lagrange de las ecuaciones (1) puede ser re-escrita como:
$$\int_\Omega \partial_\nu \left(\frac{\partial {\cal L}}{\partial \partial_\nu A_\mu} \partial_\mu \Lambda\right) \: d^4 x =0\:.\tag{2}$$
Puesto que el integrando es continuo y $\Omega$ arbitrarias, (2) es equivalente a
$$\partial_\nu \left(\frac{\partial {\cal L}}{\partial \partial_\nu A_\mu} \partial_\mu \Lambda\right) =0\:,$$
que es la identidad discutido por el OP (omito un factor constante):
$$\partial_\mu (F^{\mu \nu} \partial_\nu \Lambda)=0\:.$$
ADDENDUM2. La carga asociada a cualquiera de estas corrientes está relacionado con la energía eléctrica flujo espacial infinito. De hecho, uno tiene:
$$Q = \int_{t=t_0} J^0 d^3x = \int_{t=t_0} \sum_{i=1}^3 F^{0i}\partial_i \Lambda d^3x = \int_{t=t_0} \partial_i\sum_{i=1}^3 F^{0i} \Lambda d^3x -
\int_{t=t_0} ( \sum_{i=1}^3 \partial_i F^{0i}) \Lambda d^3x \:.$$
Como $\sum_{i=1}^3 \partial_i F^{0i} = -\partial_\mu F^{\mu 0}=0$, la última integral no da ninguna contribución y tenemos
$$Q = \int_{t=t_0} \partial_i\left(\Lambda \sum_{i=1}^3 F^{0i} \right) d^3x = \lim_{R\to +\infty}\oint_{t=t_0, |\vec{x}| =R} \Lambda \vec{E} \cdot \vec{n} \: dS\:.$$
Si $\Lambda$ se convierte en una constante en el espacio exterior de una región acotada $\Omega_0$ y si, por ejemplo, que la constante no se desvanecen, se $Q$ es sólo el flujo de $\vec{E}$ en el infinito hasta un factor constante. En este caso, $Q$ es la carga eléctrica de hasta un factor constante (como se puso de relieve por ramanujan_dirac en un comentario más abajo). En ese caso, sin embargo, $Q=0$, ya que estamos tratando con la libertad de los campos EM.