Estoy realizando un meta-análisis sobre dos estudios de asociación de todo el genoma (GWAS), cada uno de los cuales consta de 150 SNPs, para los que he calculado estadísticas de resumen para la asociación. Estoy utilizando el paquete R meta y la función metagen . Me parece que esta función es capaz de combinar los estudios, pero en el efecto de medición única (tengo 150), uno para cada estudio.
Por ejemplo, puedo tener 3 SNPs en cada estudio
STUDY SNP OR SE
GWAS_A rs694739 0.6691 0.07588
GWAS_A rs9858968 0.1091 0.01588
GWAS_A rs1529267 0.9291 0.02588
GWAS_B rs694739 0.6128 0.37344
GWAS_B rs9858968 0.0332 0.27344
GWAS_B rs1529267 0.3481 0.81284por lo que me gustaría una salida en formato de tabla (por ejemplo, como en PLINK ), con 3 filas y las correspondientes estadísticas de agrupación. Sé que podría manejarlo con for o mediante la agrupación con el by en la salida del resumen de metagen , pero me pregunto si hay otro paquete/función de R para lograr esto fácilmente.
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Tengo el mismo problema y no encuentro la solución. Empecé haciendo mi meta-análisis en PLINK, pero quiero los intervalos de confianza del meta-análisis, que PLINK no da. Luego probé con la función metagen() del paquete meta, pero me cuesta escribir un bucle, porque la salida es un objeto de la clase meta, y no sé cómo extraer los resultados. Me valdría cualquiera de estas soluciones: -Una forma de obtener el CI de PLINK o -Una forma de extraer los resultados del objeto meta a una tabla. Gracias.
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