Su pregunta se refiere en parte a la Historia. Y la historia de cómo los matemáticos fueron llevados a considerar expansiones ortogonales en funciones trigonométricas no es natural. De hecho, la conjetura de Fourier de que las funciones mecánicas arbitrarias podían expandirse en una serie trigonométrica no fue creída por otros matemáticos de la época; la controversia relativa a esta cuestión llevó a prohibir la publicación del trabajo original de Fourier durante más de una década.
La idea de las expansiones trigonométricas surgió al observar la ecuación de onda para los desplazamientos de una cuerda: $$ \frac{\partial^2 u}{\partial t^2}=c^2\frac{\partial^2 u}{\partial x^2}. $$ En 1715, B. Taylor, concluyó que para cualquier número entero $n\ge 1$ la función $$ u_n(x,t)=\sin\frac{n\pi x}{a}\cos\frac{n\pi c}{a} (t-\beta_n) $$ representaba una solución de onda estacionaria. $n=1$ correspondía al tono "fundamental", y para $n=2,3,\cdots$ En aquel momento, era natural preguntarse si se podía construir una solución general a partir de una combinación del modo fundamental y los armónicos. Si tal solución general existiera en la forma $$ u(x,t) = \sum_{n=1}^{\infty}A_n u_n(x,t), $$ donde $A_n$ son constantes, entonces sería necesario poder expandir la función de desplazamiento inicial como $$ u(x,0) = \frac{a_0}{2}+a_1\cos\frac{\pi x}{a}+b_1\sin\frac{\pi x}{a}+\cdots. $$ El consenso en ese momento era que una función mecánica inicial arbitraria no podía expandirse de esta manera porque la función de la derecha sería analítica, mientras que $u(x,0)$ podría no serlo. (Este razonamiento no era correcto, pero las matemáticas no eran muy rigurosas en aquella época). Las relaciones de ortogonalidad utilizadas para aislar los coeficientes no fueron descubiertas hasta tiempo después por Clairaut y Euler.
Fourier decidió que esa expansión era posible y se propuso demostrarlo. El trabajo de Fourier estuvo prohibido de publicar durante más de una década, lo que nos dice que la idea de expandir en una serie de Fourier fue no una natural.
Fourier no inventó la serie de Fourier y no descubrió las condiciones de ortogonalidad que le permitían aislar los coeficientes en dicha expansión. Sin embargo, sí dio con la integral de Dirichlet para la serie truncada, y esencialmente dio la prueba de la integral de Dirichlet para la convergencia de la serie de Fourier, aunque se atribuyó falsamente a Dirichlet. El trabajo de Fourier sobre esta expansión se convirtió en un punto central de las matemáticas. Y el intento de estudiar la convergencia de las series trigonométricas obligó a las Matemáticas a volverse rigurosas.
Lo que hizo Fourier de forma original fue abstraer la serie discreta de Fourier a la transformada de Fourier y su inversa argumentando que la transformada de Fourier era el límite de la serie de Fourier cuando el periodo del modo fundamental tendía a infinito. Utilizó esto para resolver la ecuación del calor en intervalos infinitos y semi-infinitos. El argumento de Fourier para hacerlo era erróneo, pero su resultado era correcto. Derivó la transformada del coseno de Fourier y su inversa, así como la transformada del seno y su inversa, con las constantes de normalización correctas: \begin{align} f & \sim \frac{2}{\pi}\int_{0}^{\infty}\sin(st)\left(\int_{0}^{\infty}\sin(st')f(t')dt'\right)ds \\ f & \sim \frac{2}{\pi}\int_{0}^{\infty}\cos(st)\left(\int_{0}^{\infty}\cos(st')f(t')dt'\right)ds. \end{align} Los utilizó para resolver las EDP en dominios semi-infinitos. Los sin y cos eran funciones propias de $\frac{d^2}{dx^2}$ que se obtuvieron mediante la técnica de separación de variables de Fourier. El término "valor propio" surgió de esta técnica como una forma de entender los parámetros de separación de Fourier.
Basándome en esta historia, diría que no era una idea natural expandir una función en funciones trigonométricas. El trabajo de Fourier condujo a las nociones de operadores lineales, valores propios, expansiones autoadjuntas, simétricas y ortogonales generales en las funciones propias de un operador diferencial, pero tuvo que pasar más de un siglo para que este trabajo pareciera "natural".