Esta no es la primera vez que este (tipo de) pregunta ha sido formulada, y no será la última. Voy a tratar de hacer que la respuesta más general, porque el espíritu de la pregunta realmente es: ¿por qué hay tanta variación con la notación matemática?
Al mejor de mi conocimiento, no hay ningún único, global, universal estándar para la notación matemática o incluso definiciones.
La inconsistencia con razones trigonométricas que usted ha observado está relacionado a un problema más grande con la notación funcional en general. $f^{-1}$ generalmente representa la función inversa. Pero, ¿qué $f^2$ representan? La mayoría de los llevaría a la media de la composición de la $f(f)$, pero eso es exactamente lo que ha causado que su confusión cuando se aplica a la trig relación de notación. El asunto es que, cuando se mira a otras funciones como el logaritmo, yo no escribiría $\log^2(x)$ sin explicando lo que usted piensa que significa. Si te refieres a $(\log x)^2$, sólo quiero escribir de esa manera.
El mismo tipo de inconsistencia es frecuente en las definiciones así. Es $0$ un número natural? Algunas definiciones de decir que sí, algunos dirían que no, que es por qué necesitamos específicas de notación como $\mathbb{Z^+}$ a significar solamente el positivo enteros, un conjunto que muchos (pero no todos) consideraría más parsimonioso se representa como $\mathbb{N}$. Pero evitando la ambigüedad es más importante que tratar de ser frugal con la notación.
Parte de la confusión es histórico. En el no tan lejano pasado, $1$ era considerado un número primo. Usted estaría en apuros para encontrar cualquier literatura moderna o de texto que utiliza esa definición.
Otra cosa que yo (personalmente) tomar el problema con la sobrecarga de notación haciendo el mismo símbolo hacer el doble o el triple deber. Como $\pi$. Que generalmente representa el conocido trascendental constante, pero en la teoría de los números, se puede representar el primer función de recuento $\pi(x)$. Es una especie de "usted sabe cuando usted ve que" la situación. Satisfactoria? Depende de que tan fácil se está satisfecho, supongo.
De todos modos, he aquí otro ejemplo de una pregunta similar (rant?) acerca de la notación. Por favor lea las respuestas, son muy esclarecedoras.