Creo que, el comentario de lucas es la mejor respuesta; me explayaré un poco
Si mezclo estos dos recipientes, finalmente tanto el oxígeno como el nitrógeno estarán a la misma temperatura. ¿Por qué?
Por temperatura se entiende la energía media por partícula. Observamos experimentalmente que si se mezclan dos montones de partículas con energías medias diferentes, al cabo de un tiempo las energías tendrán la misma media. Incluso si las partículas son completamente diferentes (véase el descargo de responsabilidad más abajo), es decir, tienen masas muy diferentes como el oxígeno y el hidrógeno.
Quiero decir: la media tomada sobre las partículas de una especie será igual a la media tomada sobre la otra especie. Yo diría, que esto no es nada trivial (corrígeme si ves algo), si las consideras en el modelo mecánico como bolas que chocan todo el tiempo.
Me gustaría subrayar: sólo este hecho nos permite definir la temperatura como la energía media. Esta cantidad no tendría sentido si las energías de una mezcla no fueran iguales.
Por supuesto, es más correcto decir que la energía por grado de libertad estará en el equillibrio. En el caso de $O_2$ y $N_2$ esto coincide con una energía igual por partícula.