La noción de ortogonalidad en el contexto de la pregunta referentes a la muy conocida concepto general de álgebra lineal, la rama de las matemáticas que estudia los espacios vectoriales. En lugar de profundizar en las matemáticas (que requiere al menos 50 libros de texto de las páginas) vamos a aclarar algunos OP dudas.
En primer lugar, una pequeña (pero importante) corrección: dos funciones de onda $\psi_1$ $\psi_2$ se llama ortogonal a cada uno de los otros si
$$
\int \overline{\psi}_1 \psi_2 \, \mathrm{d} \tau = 0 \, ,
$$
donde la primera función es complejo-conjugado según lo indicado por una barra en la parte superior de la misma. Las funciones de onda son valores complejos de funciones y compleja conjugación del primer argumento es importante.1
Así que, sí, ortogonalidad no es una propiedad de una sola función de onda. Tampoco se refiere a un par de ellos que es ortogonal a cada uno de los otros, como se describe anteriormente, o, en general, a un conjunto de ellos, siendo todos mutuamente ortogonal a cada uno de los otros, es decir, a un conjunto $\{ \psi_i \}_{i=1}^{n}$ tal que para cualquier $i \neq j$
$$
\int \overline{\psi}_i \psi_j \, \mathrm{d} \tau = 0 \, .
$$
En el último caso se dice que el conjunto total $\{ \psi_i \}_{i=1}^{n}$ es ortogonal.
1) Más precisamente, una de las dos funciones tiene que ser complejo-conjugados en esta expresión, en donde los cuales uno es el asunto de la convención: en física, la literatura es a menudo la primera función, mientras que en las orientadas matemáticamente la literatura es generalmente el segundo.