Creo que tienes razón en que Oracle hará un trabajo más rápido al recortar los datos, porque entonces los datos estarán (presumiblemente) indexados. FME está trabajando en los archivos xyz básicos que no están indexados. Así que naturalmente será más lento.
Si los datos no cambian, entonces podrías convertirlos de xyz a un formato indexado espacialmente que FME pudiera utilizar - por ejemplo POD - y la velocidad mejoraría drásticamente. Pero aún así, los datos indexados almacenados en Oracle y procesados por Oracle deberían tener siempre un mejor rendimiento.
En cuanto a la metodología de FME, no estaría necesariamente de acuerdo con decir que sería más sencillo con Oracle. Simplemente no veo por qué su solución FME debería ser tan compleja (a menos que haya otros detalles que desconozco).
La solución ideal es un espacio de trabajo único con un lector para leer el conjunto de datos Shape. Usted alimenta que en un FeatureReader para leer el xyz, utilizando la característica de forma como un límite de recorte. A continuación, escribir los datos con un escritor. Debería ser muy sencillo. Ciertamente no veo la necesidad de tener dos espacios de trabajo FME vinculados.
Otro consejo sobre FME. Asegúrate de utilizar el lector de formato XYZ. De esta forma FME creará una única y eficiente característica de nube de puntos. Si utilizas el formato CSV y un transformador para convertirlo en puntos, entonces estarás trabajando con características de puntos individuales de 300m y el proceso será mucho, mucho más lento.