¿Cómo especificar un isótopo diferente en el programa de química cuántica ORCA?

Question

Me gustaría realizar un cálculo utilizando deuterio en lugar de hidrógeno. He probado el siguiente archivo de entrada ORCA:

!cc-pVDZ B3LYP opt freq

*xyzfile 0 1 bi_guess.xyz 

El contenido de bi_guess.xyz :

34
Coordinates from ORCA-job kie_computation_bi_b3lyp
  N   -1.36522940768289      1.43090120637739     -1.29989163642319
  C   -0.44442228001060      0.38103756632797     -1.36699056491989
  S   1.11938175575132      0.89828742472636     -0.68162779041360
  C   0.39936643411072      2.45263744108356     -0.17598894082966
  C   -0.88737920921729      2.55508413237739     -0.58575891095156
  C   -1.81988687350823      3.70483170564282     -0.34149534660368
  H   -2.02914244079129      4.28099946722255     -1.25957521107675
  H   -1.38928363000205      4.40377070305222      0.38811759209947
  H   -2.78814652651823      3.35404865266229      0.05306751853438
  C   -2.42958273785510      1.55203191145485     -2.29150912214068
  H   -2.13103494174077      1.01505106288885     -3.20503185208371
  H   -2.58921987988251      2.60821448709764     -2.54320899415084
  H   -3.38528969660347      1.12099748064241     -1.94940612103283
  C   1.24350647485456      3.43182218478396      0.59010704636463
  C   2.34455035926304      4.09444738435286     -0.25628872453066
  H   1.70917002774078      2.91928017185310      1.45151071835754
  H   0.59149967441242      4.21059012151118      1.01775365078364
  H   3.02263338128754      3.34129107817330     -0.68945118759167
  H   2.94960251527178      4.78111271092864      0.35865283243980
  H   1.90986274364991      4.66846424028840     -1.09098042345273
  C   -0.58896270899179     -0.87335406540114     -1.89161187230330
  O   0.62483817548640     -1.53234971307262     -2.12144915093809
  C   -1.81093059712914     -1.61627205233074     -2.20313985412716
  C   -1.78295926336086     -2.62665829989993     -3.19412484968867
  C   -2.91185414985907     -3.39920051566432     -3.46720312726732
  C   -4.10190122740441     -3.19660857990940     -2.75883040599387
  C   -4.14025228929028     -2.21734676116007     -1.75913366985694
  C   -3.01353021224531     -1.44485219171837     -1.47688481122363
  H   -3.04567986529299     -0.72442989166239     -0.65687581329096
  H   -0.86205885646938     -2.78256837851931     -3.75966518262305
  H   -4.98552287920138     -3.80160445008789     -2.97478885669734
  H   -5.05406866849322     -2.06721957203355     -1.17765661592474
  H   -2.86371065052297     -4.16497387835216     -4.24648540168365
  H   0.55630745024474     -2.41808278363585     -1.72738492075924 M = 2

Sin embargo, la salida me muestra que sólo hay protones normales, sin átomos de deuterio. ¿Qué estoy haciendo mal?

Answer 1

ORCA no puede leer la información de isótopos de los archivos XYZ -- el Especificación de OpenBabel no lo incluye y por lo tanto ORCA no lo busca en el archivo de geometría.

Tienes que copiar y pegar la geometría en tu archivo de entrada:

* xyz 0 1
  ...
  H   0.55630745024474     -2.41808278363585     -1.72738492075924 M 2
*

---

Alternativamente, si sólo le interesan las frecuencias, los modos normales y/o el espectro IR, puede editar las masas atómicas en el .hess después de que se haya completado la ejecución y utilizar el orca_vib para volver a realizar el análisis con los isótopos sustituidos. Consulte las páginas 201-202 del manual de ORCA v3.0.3 para más detalles.