¿Cómo puedo obtener los valores de p mediante la multinorm función de nnet paquete en R?
Tengo un conjunto de datos que consta de "resultados de la Patología" (Ausente, Leve, Grave) como variable de resultado, y dos efectos principales: la Edad (dos factores: veinte / treinta días) y el Tratamiento (Grupo de cuatro factores: infectado sin ATB; infectadas + ATB1; infectadas + ATB2; infectadas + ATB3).
Primero traté de ajustar un modelo de regresión ordinal, que parece más apropiado, dadas las características de mi variable dependiente (ordinal). Sin embargo, la asunción de probabilidades de proporcionalidad gravemente violado (gráficamente), que me llevó a utilizar un modelo multinomial lugar, el uso de la nnet paquete.
Primero elegí el resultado nivel que necesito para utilizar como base de referencia de la categoría:
Data$Path <- relevel(Data$Path, ref = "Absent")
Entonces, necesitaba establecer línea de base de las categorías de las variables independientes:
Data$Age <- relevel(Data$Age, ref = "Twenty")
Data$Treat <- relevel(Data$Treat, ref="infected without ATB")
El modelo:
test <- multinom(Path ~ Treat + Age, data = Data)
# weights: 18 (10 variable)
initial value 128.537638
iter 10 value 80.623608
final value 80.619911
converged
El resultado:
Coefficients:
(Intercept) infected+ATB1 infected+ATB2 infected+ATB3 AgeThirty
Moderate -2.238106 -1.1738540 -1.709608 -1.599301 2.684677
Severe -1.544361 -0.8696531 -2.991307 -1.506709 1.810771
Std. Errors:
(Intercept) infected+ATB1 infected+ATB2 infected+ATB3 AgeThirty
Moderate 0.7880046 0.8430368 0.7731359 0.7718480 0.8150993
Severe 0.6110903 0.7574311 1.1486203 0.7504781 0.6607360
Residual Deviance: 161.2398
AIC: 181.2398
Por un tiempo, yo no podía encontrar una manera de obtener el $p$-valores para el modelo y estimaciones cuando se utiliza nnet:multinom. Ayer me encontré con un post donde el autor presentó un problema similar respecto a la estimación de $p$-valores de los coeficientes de (Cómo configurar y estimación de un modelo logit multinomial en el R?). Allí, un bloguero sugirió que llegar a $p$-valores de la summary resultado de multinom es bastante fácil, por primera vez la $t$valores de la siguiente manera:
pt(abs(summary1$coefficients / summary1$standard.errors), df=nrow(Data)-10, lower=FALSE)
(Intercept) infected+ATB1 infected+ATB2 infected+ATB3 AgeThirty
Moderate 0.002670340 0.08325396 0.014506395 0.02025858 0.0006587898
Severe 0.006433581 0.12665278 0.005216581 0.02352202 0.0035612114
Según Peter Dalgard, "Hay al menos un factor de falta de 2 para una de dos colas $p$-valor. Normalmente es un error usar el $t$-distribución de lo que realmente es una $z$-estadística; para los datos agregados, puede ser un muy grave error."
De acuerdo a Brian Ripley, "que también es un error el uso de pruebas de Wald para multinom encaja, ya que sufren de la misma (potencialmente graves) problemas como la binomial se adapta.
Utilice el perfil de la probabilidad de los intervalos de confianza (para que el paquete no ofrecen software), o si usted debe probar, la probabilidad de la relación de pruebas (ídem)."
Sólo tengo que ser capaz de derivar fiable $p$-valores.
