La Base de la Intensidad de Pico, diferente de la de mayor valor en la Masa de la Intensidad Mapa

Question

He estado trabajando con el espectro de masas de análisis de datos (pero mi campo es ciencias de la computación).

Estoy usando una librería que me permita obtener toda la Masa de la Intensidad de la MS1 scan (tales como [el tiempo, la intensidad]). Sin embargo, al buscar el valor más alto de intensidad, siempre es un par de números enteros menores que la base de la intensidad de pico.

Estoy recuperar la información de un mzXML archivo y la biblioteca que estoy usando es de ms-datos-core-api. El método utilizado para recuperar la intensidad mapa, en caso de que alguien ha utilizado alguna vez esta biblioteca, es esta: public double[][] getMassIntensityMap(). Puedo recuperar la mayor vistazo en el mapa por iteración en la matriz devuelta y la actualización de una variable con el valor más alto encontrado en la y eje (dado double [x = time][y = mass].

Ejemplos de la diferencia de datos, se incluyen las siguientes:

scan 1 (MS1): Highest peak in map: 789991.875 / base peak intensity: 793728.0
scan 2 (MS1): Highest peak in map: 714475.5  / base peak intensity: 719125.0
scan 3 (MS1): Highest peak in map: 673152.6875  / base peak intensity: 680567.0

Por lo que puedo decir, el instrumento utilizado para estas exploraciones es una transformada de fourier de iones de resonancia de ciclotrón espectrómetro de masas, utilizando Xcalibur como el software.

¿Esto tiene sentido, y por qué?

Answer 1

Una posibilidad de la discrepancia es que los diferentes pico centroiding / algoritmos de integración fueron utilizados en las diferentes etapas de los datos.

Por ejemplo, la base de la intensidad de pico registrado en el texto sin formato (sin comprimir) los datos de la exploración es, probablemente, calculado por el instrumento en tiempo real durante la adquisición. Las intensidades de los picos detectados son también registrado por el instrumento, por supuesto, pero las intensidades pueden ser afectados por procesos tales como centroiding que no son aplicadas a la de texto sin formato grabado base de la intensidad de pico.

Una respuesta exacta a tu pregunta dependerá de muchos factores, tales como si los espectros se registraron en el modo de perfil o centroide modo, si los espectros se comprimen durante la conversión a mzXML formato, y también el detalle de la (posible) centroiding algoritmos y BPC algoritmos utilizados por el instrumento de firmware durante la adquisición de datos. (Buena suerte tratando de encontrar el código exacto para el proveedor de firmware...es probablemente la propiedad.)