Básicamente, QGIS soporta internacionalización, pero QGIS 1.8.0 Lisboa tiene algunos problemas con la correcta codificación de los shapefiles. Hay algunas soluciones que se dan aquí:
Cómo leer las letras griegas (ISO-8859-7) en el shapefile de los atributos dentro de QGIS 1.8.0?
que son un poco del sistema Operativo-dependiente.
El asunto fue solucionado en QGIS Maestro, pero en la actualidad la solución de bugs para el próximo QGIS 2.0 puede conducir a una inestable QGIS versión principal.
Así que sería mejor esperar hasta que QGIS 2.0 es publicado.
EDIT: Esto sólo afecta a los archivos, otros datos de fuentes de trabajo correcta.