Vamos
$$
{\tilde u}(x)=
\begin{cases}
u(x); &\text{if } \varphi(x)=0, \\
\\
\int_{{\mathbb R}^n} \eta_{\varphi(x)}(y-x) u(y)\, dy; & \text{if } \varphi(x) > 0.
\end{casos}
$$
Vamos a mostrar primero que $\widetilde u$$L^2(\mathbb R^n)$. En primer lugar vemos que el $\widetilde u$ $\mathbb R^n\smallsetminus\mathrm{supp}\,\varphi$ es idéntica a $u$, y para cada $x\in\mathrm{supp}\,\varphi$
$$
|\widetilde u(x)| \le \int_{\mathbb{R}^n}|\eta_{\varphi(x)}(y-x)|\, |u(y)|\, dy\le
\|u\|_{L^2(\mathbb R)^n}\|\eta\|_{L^2(\mathbb R)^n}=M.
$$
Por lo tanto $\widetilde u$ es una suma de un $L^2$-función y una limitada y de forma compacta compatible la función, y por lo tanto también una $L^2$-función. Por lo tanto $\widetilde u\in L^2(\mathbb R^n)$.
Siguiente, siguiendo con la idea de Davide Giraudo.
Está claro que $\widetilde u$ puede ser escrito como
$$
J_\varphi[u](x)=\widetilde u(x)=\int_{\Bbb R^n}\eta(t)\,u\big(x+\varphi(x)t\big)\,dt. \etiqueta{1}
$$
y si $u$ es lo suficientemente suave, luego
\begin{align}
\partial_j\widetilde u(x)&=\int_{\Bbb R^n}\eta(t)\,\Big(1+\sum_{k=1}^n\partial_k\varphi(x)t\Big)\partial_ju(x+\varphi(x)t)dt\\
&=\widetilde{\partial_j u}(x)+\sum_{k=1}^n \partial_k\varphi(x)\int_{\Bbb R^n}t\,\eta(t)\,\partial_ju\big(x+\varphi(x)t\big)\,dt,
\end{align}
y
$$
\int_{\Bbb R^n}t\,\eta(t)\,\partial_ju\big(x+\varphi(x)t\big)\,dt=
\begin{cases}
u(x)\int_{\mathbb R^n}t\,\eta(t)\,dt; &\text{if } \varphi(x)=0, \\
\\
\int_{{\mathbb R}^n} (y-x)\,\eta_{\varphi(x)}(y-x) \partial_j u(y)\, dy; & \text{if } \varphi(x) > 0.
\end{casos}
$$
No es difícil ver (utilizando argumentos similares) que $\widetilde{\partial_j u}\in L^2(\mathbb R^n)$.
Queda por explicar lo que sucede si $u$ no es suave.
En tales casse podemos encontrar liso $u^\varepsilon$, de tal manera que $u^\varepsilon\to u$, en el $H^1$-norma, y la simple comprobación de que se $u^\varepsilon-u^{\varepsilon'}$ tiende a cero, como $\varepsilon,\,\varepsilon'\to 0$, por lo que no $\widetilde u^\varepsilon-\widetilde u^{\varepsilon'}$.