Estoy ejecutando un cálculo de frecuencias en una estructura de geometría optimizada utilizando el programa de química cuántica ORCA. La salida del cálculo de frecuencias contiene pequeñas frecuencias negativas. Normalmente, estos se consideran puntos de silla de montar, y por lo tanto llevaría a la conclusión de que la geometría no representa un estado básico.
freq. IR Int.
-17.6900 0.000
-16.8900 0.000
-10.6600 0.000
6.4000 0.000
11.7200 0.000
... more small frequencies with IR Int. 0
30.3700 0.000
36.7000 19.3544
Sin embargo, me pregunto si esto es realmente así, ya que la salida también asigna una intensidad IR de 0,000 a estos modos, y afirma que "La primera frecuencia considerada como vibración es la 14", que es el primer modo positivo. Estoy un poco atascado, ya que obviamente una frecuencia negativa no debería aparecer en el espectro IR, así que ¿Orca simplemente elimina esas frecuencias del IR, aunque estén ahí? ¿O la intensidad IR de 0 implica que las frecuencias negativas son en realidad sólo un error de precisión del cálculo, y puedo seguir asumiendo que la estructura es un estado de tierra.
Normalmente, el criterio es "no tener frecuencias negativas". Por otro lado, no debería almacenarse mucha energía en estos modos, así que me pregunto cómo afectará esto a las energías calculadas.
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Si mi lejano recuerdo de las clases de química cuántica es correcto, las pequeñas frecuencias imaginarias ocurren todo el tiempo porque se me olvidó. Pero sólo deberían importarnos las frecuencias imaginarias que están por encima de algún umbral arbitrario que también he olvidado, porque sólo esas son capaces de mostrarnos puntos de silla. Recuerdo claramente al menos un cálculo práctico que hicimos en el que se nos dijo que ignoráramos la frecuencia negativa.
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¿Qué método? Si es DFT, ¿qué funcional, qué rejilla, qué tipos de RI, ...?
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@pentavalentcarbon ¿Es realmente importante? He probado con AM1 y PM3 ambos dan frecuencias imaginarias pequeñas. Los cálculos deben ser sólo semicuantitativos. El objetivo es calcular afinidades de protones, y una publicación de Dewar ha demostrado que AM1 se comporta bastante bien para este tipo de tarea. Los sistemas son grandes (alrededor de ~140 átomos), por lo que sólo considero métodos semiempíricos.
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Sí, puede ser. Acabas de darme un dato crucial; los sistemas grandes y/o flojos suelen requerir criterios de convergencia de optimización más estrictos (y por tanto más ciclos) que los sistemas más pequeños. Probablemente no se trate de ruido, sino de una geometría no convergente.
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@pentavalentcarbon OK, gracias por la pista. Actualmente estoy volviendo a realizar el cálculo con ajustes ajustados de scf y de optimización. Los modos imaginarios corresponden a un extraño movimiento de flexión-estiramiento.
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@pentavalentcarbon Eso también explica por qué tenía más problemas con los sistemas más grandes, ahora tiene sentido : ) ¡Gracias!
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Aunque soy un gran fan de ORCA, no recomendaría su uso para métodos semiempíricos como AM1 o PM $x$ . El MOPAC lo hace perfectamente. Además, ignorar simplemente estas frecuencias puede dar lugar a enormes inexactitudes, porque si un modo vibracional adicional llega al positivo (digamos, en una conformación diferente), de repente se obtiene más energía. Lo más limpio es "obtener sólo las frecuencias positivas". Algunos investigadores también han invertido simplemente el signo (sí, lo sé).
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¿Sólo voltear el signo? Bien. Aunque primero probaré con criterios de convergencia más estrictos