No estoy muy seguro de lo que estás preguntando. Si estás preguntando por qué no miramos una molécula y simplemente identificamos el número de modos independientes de vibración, la respuesta es que sería demasiado difícil. Las oscilaciones reales son una superposición lineal de estos modos normales, incluso los espectros de pregrado a menudo son complicados. Solo diaótomos muy simples dan espectros Raman e IR bonitos, o moléculas muy simétricas.
En general, podemos expandir una función potencial alrededor de una configuración de equilibrio y retener términos de segundo orden. El primer término es el valor absoluto, por lo que se establecerá en cero. El segundo término desaparece por la suposición de que estamos en un punto de equilibrio. \begin{equation} U(\boldsymbol q)=U(q^i_0)+\sum _i\frac{\partial U}{\partial q^i}\bigg|_{0}\eta _i+\sum_{i,j}\frac 12 \bigg(\frac{\partial ^2U}{\partial q^i\partial q^j}\bigg)\bigg|_0\eta _i\eta _j+\sum _{i,j,k}\frac 1 6\bigg(\frac{\partial ^3U}{\partial q^i\partial q^j\partial q^k}\bigg)\bigg|_0\eta _i\eta _j\eta _k+\dots \end{equation} Donde $\eta_i = q^i-q^i_0$ y $\dot \eta _i=\dot q^i-\dot q^i_0=\dot q^i$ son variaciones a la configuración de equilibrio. Este análisis conduce al siguiente Lagrangiano, \begin{equation} \mathscr L=\frac 12\sum _{i,j}(M_{ij}\dot \eta _i\dot \eta _j-V_{ij}\eta_i\eta_j) \end{equation} Y a una serie de ecuaciones diferenciales ordinarias de oscilador armónico acoplado. \begin{equation} \sum _{j}(M_{ij}\ddot \eta_j+V_{ij}\eta_j)=0 \end{equation> Un tipo especial de solución es un modo normal, \begin{equation> \eta _j=a_j\cos (\omega t-\varphi) \end{equation> La solución general al problema de pequeñas oscilaciones es entonces una superposición lineal de modos normales, \begin{equation> \eta _r=\sum _r\boldsymbol a_r\cos (\omega _rt-\varphi _r) \end{equation> Hasta ahora no hemos contado los modos por decirlo así. Aunque mecánicamente el objetivo es calcular $\eta$ en la química normalmente solo nos preocupamos por la frecuencia del modo. Realizar este análisis con moléculas es un poco complicado excepto para moléculas simétricas lineales (la simetría simplifica el problema).
Si consideramos una molécula triatómica simétrica lineal como el CO2 por ejemplo, entonces esperamos $3(3)-5=4$. Realizar el análisis anterior dará dos modos ($\omega_1$ se descuenta ya que corresponde a la traslación en el eje internuclear y ya fue contado). \begin{equation> \omega _1=0,\ \ \ \ \ \ \ \omega_2=\sqrt{\frac{k}{m_1}},\ \ \ \ \ \ \omega _3=\sqrt{\frac{km_T}{m_2m_1}} \end{equation> Donde $m_T=2m_1+m_2$ (masa total). (sigue el procedimiento en Goldstein y la interpretación de sus oscilaciones). ¿Tal vez te preguntes por qué esto no concuerda con el número de modos que esperamos por el simple conteo anterior?
Podemos dividir el número total de vibraciones en modos transversales y longitudinales. Para un sistema de $N$ átomos, miramos hacia abajo en el eje internuclear, uno es libre de trasladarse dejando $N-1$ oscilaciones longitudinales. Por lo tanto, el número total de oscilaciones transversales es $2N-4$. Lo que resuelve ese problema.
Entonces, ¿qué pasa con los modos transversales? Estos son generalmente complicados y dependen de la fase de las oscilaciones que elijamos. Esta área puede llevar al acoplamiento ro-vibracional y al momento angular orbital. La cuantificación de esto es importante para la espectroscopia química cuántica.
Entonces puedes ver que en general los modos reales son complicados y su interpretación y forma dependen también de la fase. ¿Podríamos usar modos como base para otros modos? Sí, eso es lo que hacemos. ¿Podríamos usar modos de diferentes moléculas como base para predecir los modos de otras moléculas? Sí ... SIEMPRE que sean de la misma simetría. De esta manera podemos usar los mismos modos de CO2 que para el disulfuro de carbono CS2, o los modos de tetracloruro de silicio SCl4 para el metano CH4.
La pérdida de simetría cambia el problema. ¿Qué tan "bien" esto está realmente depende de la simetría de la molécula. Esto se ve al calcular los modos de una molécula triatómica no lineal, no están muy alejados del caso lineal como se muestra aquí pero el número de ellos no es el mismo y son ligeramente diferentes. Por lo tanto, usar las vibraciones de una molécula como base para otra es defectuoso. ¡Las frecuencias que obtenemos no son las mismas!
¿Esto responde tu pregunta?
EDICIÓN PARA RESPONDER
Estos dos modos degenerados del CO2 son los modos transversales complicados a los que me refería en mi respuesta. Si son degenerados entonces tienen las mismas raíces de la ecuación característica y por lo tanto la misma expresión de las frecuencias. Sin embargo, son complejos debido a efectos de fase y rotación y NO necesariamente son iguales. Consulta a Goldstein y las figuras de Lissajous que deberían responder tu pregunta :)
EDICIÓN A LA EDICIÓN
Tal vez sería más intuitivo decir que la ausencia de momento angular de rotación sobre el eje internuclear es el resultado de no haber modos degenerados en este eje, o tal vez que hay un eje de simetría $C_{\infty}$? ¿O tal vez el hecho de que hay un momento angular de rotación sobre los ejes transversales significa que hay acoplamiento ro-vibracional, debido a las degeneraciones? Preguntar si hay degeneraciones a lo largo del eje internuclear de moléculas poliatómicas es una pregunta más difícil de responder. Ciertamente intentaríamos construir el análisis desde un punto donde esto no fuera el caso.
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¿Tienes una fuente para tu relación de "número de modos"? No es obvio intuitivamente que una molécula no lineal tendría un modo menos. Pero tal vez ese sea el punto central de tu pregunta...