Generalmente, los cuerpos pueden tener las mismas energías internas, pero tener diferentes temperaturas, y viceversa, tener la misma temperatura pero diferentes energías internas.
Considera por ejemplo los gases ideales, donde la energía interna se da como una función de la temperatura y la capacidad calorífica: $U={C}_{V}T$. Si tenemos un gas monoatómico que consiste en N partículas, su capacidad calorífica es ${C}_{V}=\frac{3}{2}N{k}_{B}$, mientras que para un gas que consiste en moléculas diatómicas tenemos ${C}_{V}=\frac{5}{2}N{k}_{B}$ a temperatura ambiente (si quieres saber de dónde saqué estas fórmulas explícitas, busca en Google el teorema de la equipartición). Si intentas jugar un poco con la inserción de diferentes temperaturas o graficar esas relaciones, obtendrás algo como esto:
Este gráfico está trazado para $N={N}_{A}$, es decir, para 1 mol de gas ideal.
Observa que puedes tener gases con la misma energía, pero diferente temperatura, y tener la misma temperatura no significa que la energía interna de dos sistemas sea la misma.
A temperaturas por debajo de 100 K, el teorema de la equipartición no se cumple y las capacidades caloríficas de ambos gases se saturan lentamente a 0 a 0K (una consecuencia de la tercera ley de la termodinámica). A temperaturas más altas (alrededor de 1000K), la capacidad calorífica del gas diatómico aumenta aún más debido a los grados de libertad vibracionales. Alrededor de la temperatura ambiente, la relación es lineal, como se muestra.
En cuanto a tu segunda pregunta, asumiendo que los dos sistemas están en contacto y son capaces de transferir energía entre ellos, seguirán transfiriendo energía entre ellos hasta que sus temperaturas sean las mismas (es decir, hasta que alcancen el equilibrio térmico).
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Imagina una mota de polvo con tanta energía interna como la Tierra. ¿Cuál sería su temperatura? ¿Sería la misma que la temperatura (promedio) de la Tierra?
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La definición técnica de temperatura es el logaritmo del número de estados energéticos alcanzables del sistema. Puedes imaginar un conjunto increíblemente energético de, por ejemplo, 10 partículas cuya temperatura es muy alta, en contraste con unos cuantos millones de átomos de $He^4$ enfriados a temperatura superfluido.
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De hecho, $S={k}_{B}ln(\Omega)$ (logaritmo del número de estados de energía alcanzables) es la definición de entropía. La definición de temperatura es $\frac{1}{{k}_{B}T}=\frac{d ln(\Omega)}{dE}$, que está de acuerdo con $\delta {Q}_{rev}=TdS$