Generalmente, los cuerpos pueden tener las mismas energías internas, pero tener diferentes temperaturas, y viceversa, tener la misma temperatura pero diferentes energías internas.
Considera, por ejemplo, los gases ideales, donde la energía interna se expresa como una función de la temperatura y la capacidad calorífica: $U={C}_{V}T$. Si tenemos un gas monoatómico compuesto por N partículas, su capacidad calorífica es ${C}_{V}=\frac{3}{2}N{k}_{B}$, mientras que para un gas compuesto por moléculas diatómicas tenemos ${C}_{V}=\frac{5}{2}N{k}_{B}$ a temperatura ambiente (si quieres saber de dónde saqué estas fórmulas explícitas, busca el teorema de la equipartición en google). Si intentas jugar un poco con la inserción de diferentes temperaturas o graficar esas relaciones, obtienes algo así:
Este gráfico está trazado para $N={N}_{A}$, es decir, para 1 mol de gas ideal.
Observa que puedes tener gases con la misma energía, pero diferentes temperaturas, y tener la misma temperatura no significa que la energía interna de dos sistemas sea la misma.
A temperaturas por debajo de 100 K, el teorema de la equipartición no se cumple y las capacidades caloríficas de ambos gases disminuyen lentamente a 0 a 0K (una consecuencia de la tercera ley de la termodinámica). A temperaturas más altas (alrededor de 1000K), la capacidad calorífica del gas diatómico aumenta aún más debido a los grados de libertad vibratorios. Alrededor de la temperatura ambiente, la relación es lineal, como se muestra.
En cuanto a tu segunda pregunta, suponiendo que los dos sistemas están en contacto y pueden transferir energía entre ellos, seguirán transfiriendo energía entre ellos hasta que sus temperaturas sean las mismas (es decir, hasta que alcancen el equilibrio térmico).
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Imagina una mota de polvo con tanta energía interna como la tierra. ¿Cuál sería su temperatura? ¿Sería la misma que la temperatura (promedio) de la tierra?
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La definición técnica de temperatura es el logaritmo del número de estados energéticos alcanzables del sistema. Puedes imaginarte un conjunto increíblemente enérgico de, por ejemplo, 10 partículas cuya temperatura es muy alta, frente a unos pocos millones de átomos de $He^4$ enfriados a temperatura de superfluido.
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En realidad, $S={k}_{B}ln(\Omega)$ (logaritmo del número de estados de energía alcanzables) es la definición de entropía. La definición de temperatura es $\frac{1}{{k}_{B}T}=\frac{d ln(\Omega)}{dE}$, lo cual concuerda con $\delta {Q}_{rev}=TdS$