Por un lado, hay una cierta irritación en tener que lidiar con el vacío de la estructura como un caso especial.
Hay varias identidades que sólo son válidos en un no-vacío de dominio, por ejemplo:
$$
\big ( [ (\forall x) \phi ] \a \psi \) \equiv (\exists x) [\phi \a \psi]
$$
al $\psi$ no hace mención de $x$. Estas identidades se usan para poner las fórmulas en forma normal prenex.
Incluso la definición de "verdad en una estructura" requiere que el dominio no vacío. Una forma común de la definición de la verdad en una estructura requiere de una función de asignación de las variables en el lenguaje de los objetos del dominio; no hay tal función cuando el dominio está vacía, y la totalidad de la definición de falla en ese caso. Por el contrario, la definición de verdad para una estructura vacía es diferente, ad hoc de la definición.
Por otro lado, uno de los objetivos principales de la lógica de primer orden es formalizar objetos matemáticos, como los grupos, las relaciones de equivalencia, etc. En muchos casos, estos objetos deben tener un vacío de dominio (por ejemplo, grupos) o son poco interesante cuando está vacío (por ejemplo, las relaciones de equivalencia, posets). Por lo que hay poca motivación para incluir el dominio vacío como un modelo posible, porque o bien no ser un modelo de las teorías que se estudia, o no será un modelo matemático de interés.
Sin duda es posible el estudio de la lógica en la que los modelos pueden ser vacío; de forma más general, uno de los estudios de "libre de la lógica" en el que los términos pueden no tener referentes. La razón por la que esto no se hace en la mayoría de los textos es que los autores no ven el esfuerzo que se justifica el beneficio.