En primer lugar, un terminológica punto: la relación de equivalencia se llama homeomórficos; un "homeomorphism" es un tipo particular de función.
Para responder a tu pregunta: sí.
En particular, vamos a $X$ denotar un conjunto con dos o más elementos. Luego existen distintas topologías $\tau,\tau' \subseteq \mathcal{P}(X)$ tal que $(X,\tau)$ $(X,\tau')$ son homeomórficos (pero diferentes).
Prueba. Desde $X$ tiene dos o más elementos, podemos dejar que $x$ $y$ denotar distintos puntos de $X$. Ahora defina $\tau = \{\emptyset,\{x\},X\}$$\tau' = \{\emptyset,\{y\},X\}$. Observar que $\tau$ $\tau'$ son distintos, y que ambos son topologías.
Ahora considere la función $f : X \rightarrow X$ que permutes los puntos de $x$$y$, dejando todos los otros puntos de la constante. Este es un homeomorphism $f : (X,\tau) \rightarrow (X,\tau'),$ $(X,\tau)$ es homeomórficos a $(X,\tau')$.