Por simetría, el campo eléctrico a lo largo de la $z$ eje tendrá sólo un $z$ componente con
$$E_z(0,0,z)=\left.-\frac{\partial \phi(x,y,z)}{\partial z}\right|_{(0,0,z)}$$
Por lo tanto, tenemos
$$E_z(0,0,z)=\frac{\sigma z}{\pi \epsilon_0}\int_0^{a/2}\int_0^{a/2}\frac{1}{(x^2+y^2+z^2)^{3/2}}\,dx\,dy$$
En lugar de intentar una transformación a coordenadas cilíndricas, vamos a continuar aquí con integrar directamente en coordenadas Cartesianas.
Evaluamos el interior de la integral haciendo la sustitución de $x=\sqrt{y^2+z^2}\tan \theta$. Este rendimientos
$$\begin{align}
\int_0^{a/2}\frac{1}{(x^2+y^2+z^2)^{3/2}}\,dx&=\left.\left(\frac{x}{(y^2+z^2)\sqrt{x^2+y^2+z^2}}\right)\right|_{0}^{a/2}\\\\
&=\frac{a/2}{(y^2+z^2)\sqrt{(a/2)^2+y^2+z^2}}
\end{align}$$
Por lo tanto, hemos reducido la expresión para el campo eléctrico a lo largo de la $z$ eje
$$E_z(0,0,z)=\frac{\sigma z}{\pi \epsilon_0}\int_0^{a/2}\frac{a/2}{(y^2+z^2)\sqrt{(a/2)^2+y^2+z^2}}\,dy$$
Para evaluar el resto de la integral, se realiza la sustitución trigonométrica estándar $y=\sqrt{(a/2)^2+z^2}\tan(u)$. Entonces, tenemos
$$\begin{align}
E_z(0,0,z)&=\frac{\sigma z(a/2)}{\pi \epsilon_0}\int_0^{\arctan\left(\frac{a/2}{\sqrt{(a/2)^2+z^2}}\right)}\,\,\frac{\cos(u)}{z^2+(a/2)^2\sin^2(u)}\,du\\\\
&=\frac{\sigma z(a/2)}{\pi \epsilon_0}\int_0^{(a/2)/\sqrt{(a/2)^2+(a/2)^2+z^2}} \frac{1}{z^2+(a/2)^2v^2}\,dv\\\\
&=\frac{\sigma }{\pi \epsilon_0}\arctan\left(\frac{(a/2)^2}{z\sqrt{2(a/2)^2+z^2}}\right)
\end{align}$$
NOTA 1:
Podemos recuperar, por supuesto, el potencial a lo largo de la $z$ eje integrando el campo eléctrico. En este problema, integración por partes facilita. Se deja como ejercicio para el lector.
NOTA 2:
Como $a\to \infty$, el arcotangente va a $\pi/2\,\text{sgn}(z)$, y queremos recuperar el conocido resultado de que el campo eléctrico de un uniforme de la superficie de carga en un infinito de la superficie, es decir,$\vec E(0,0,0^{\pm})=\pm \hat z\,\frac{\sigma}{2\epsilon_0}$.
NOTA 3:
Como $z\to 0^{\pm}$, el arcotangente va a $\pi/2 \,\text{sgn}(z)$ y el campo eléctrico es $\vec E(0,0,0^{\pm})=\pm \hat z\,\frac{\sigma}{2\epsilon_0}$
NOTA 4:
Como $z\to \pm \infty$, el arcotangente va a $\frac{(a/2)^2}{z^2}\,\text{sgn}(z)$ y el campo eléctrico es $\vec E(0,0,z\to \pm \infty)=\pm \hat z\,\frac{\sigma a^2}{4\pi \epsilon_0\,z^2}$, que aparece como el campo de un punto de carga en $q=\sigma a^2$.