Aunque esta pregunta fue formulada y respondida hace bastante tiempo, he pensado que podría ser útil ver un desarrollo alternativo, uno que utilice únicamente el análisis clásico y renuncie al uso de Funciones generalizadas .
Aquí encontraremos la transformada de Fourier de $J_0(x)$ encontrando primero la representación de la Transformada de Fourier de $J_0(x)$ y posteriormente invocar el Teorema de la inversión de Fourier .
Comenzamos, como empezó @Sasha, con la representación integral
$$\begin{align} J_0(x)&=\frac{1}{2\pi}\int_{-\pi}^{\pi}e^{ix\sin \phi}\,d\phi\\\\ &=\frac{1}{\pi}\int_{0}^{\pi}\cos (x\sin \phi)\,d\phi \tag 1 \end{align}$$
donde explotamos el hecho de que la parte real del integrando es una función par de $k$ mientras que la parte imaginaria es impar. Haciendo las sustituciones
$$\phi= \begin{cases} \arcsin (k),&\text{for}\,\,0\le\phi\le\pi/2\\\\ \pi-\arcsin (k),&\text{for}\,\,\pi/2\le\phi\le\pi \end{cases}$$
en $(1)$ produce
$$\begin{align} J_0(x)&=\frac{2}{\pi}\int_{0}^{1}\frac{1}{\sqrt{1-k^2}}\cos (kx)\,dk \tag 2\\\\ &=\frac{1}{\pi}\int_{-1}^{1}\frac{1}{\sqrt{1-k^2}}\cos (kx)\,dk \tag 3\\\\ &=\frac{1}{\pi}\int_{-1}^{1}\frac{1}{\sqrt{1-k^2}}e^{ikx}\,dk \tag 4\\\\ &=\frac{1}{2\pi}\int_{-1}^{1}\frac{2}{\sqrt{1-k^2}}e^{ikx}\,dk \tag 5\\\\ &=\frac{1}{2\pi}\int_{-\infty}^{\infty}\left(\text{rect}\left(\frac{k}{2}\right)\frac{2}{\sqrt{1-k^2}}\right)e^{ikx}\,dk \tag 6\\\\ \end{align}$$
donde $\text{rect}$ es el Función rectangular . Finalmente, utilizando el Teorema de la Inversión de Fourier, tenemos
$$\bbox[5px,border:2px solid #C0A000]{\mathscr{F}\left(J_0(x)\right)(k)=\text{rect}\left(\frac{k}{2}\right)\frac{2}{\sqrt{1-k^2}}}$$
recuperando el conocido resultado.
NOTAS:
Al llegar a $(2)$ escribimos $\int_{0}^{\pi}\cos (x\sin(\phi))\,d\phi=\int_{0}^{\pi/2}\cos (x\sin(\phi))\,d\phi+\int_{\pi/2}^{\pi}\cos (x\sin(\phi))\,d\phi$ , aplicamos las sustituciones y combinamos las integrales resultantes.
Al pasar de $(2)$ a $(3)$ explotamos la propiedad par del coseno.
Al pasar de $(3)$ a $(4)$ explotamos la propiedad impar del seno.
Al pasar de $(4)$ a $(5)$ , colocamos un factor de $1/2$ fuera de la integral y un factor de $2$ en el integrando.
Al pasar de $(5)$ a $(6)$ multiplicamos el integrando por la función rectángulo y ampliamos los límites.