Existen herramientas específicas para el análisis estadístico. Por ejemplo, R, SPSS y Minitab.
Sin embargo, tanto Mathematica como MATLAB son capaces de realizar los cálculos necesarios; cuál es "mejor" es una cuestión de gustos y requisitos de aplicación, la mayoría de las veces.
MATLAB no incluye por defecto muchas subrutinas estadísticas. Sin embargo, tiene una caja de herramientas de estadística que contiene gran parte de la funcionalidad que se encuentra por defecto en algunos otros paquetes. Todo depende de lo que exactamente estás tratando de hacer, en cuanto a la estadística, y cuál es tu nivel de comodidad con la programación. Tal vez usted puede elaborar más en lo que está tratando.
(Por supuesto, las horas de trabajo dedicadas a reprogramar un algoritmo para, por ejemplo, el ANOVA, suelen ser más costosas que la simple compra de la licencia de la caja de herramientas que tiene una rutina de stock).
Por último, para responder a tu pregunta, personalmente prefiero MATLAB. Me parece que es más fácil de programar y permite un desarrollo rápido y más fácil de probar algoritmos, etc. Sintácticamente, prefiero MATLAB. A MATLAB le gusta mantener las cosas cerca del pseudocódigo. Mathematica intenta mantener las cosas más cerca de la notación matemática.
Puedes encontrar tutoriales de MATLAB en todo Internet. Sólo tienes que buscar en Google "tutorial de MATLAB" y tendrás un montón de resultados.
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Voto por cerrar, no porque sea una "mala pregunta"... sino porque es probable que solicite un debate de opiniones sobre los méritos de los diferentes programas. La gente se fideliza, se apega a las distintas opciones.
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Para evitar que esta pregunta se cierre por ser potencialmente argumentativa o demasiado vaga, edítala para indicar qué aplicaciones que contempla y qué criterios de actuación tiene. La "estadística" es demasiado amplia para admitir un conjunto de respuestas coherente o útil.
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-1 Lo que usted plantea es un problema de elección y, por tanto, una decisión que hay que tomar. Hacerlo sin aportar preferencias y objetivos para medir el valor de las alternativas es, por desgracia, bastante inútil o se degrada a una simple cuestión de gustos. Es una pena.
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La respuesta correcta es R. No malgastes tu dinero en herramientas propietarias a menos que estés seguro de necesitarlas (lo que casi nunca ocurre).