¿Qué es in silico de optimización de la energía?

Question

Mientras se hace la química computacional para ambos compuestos orgánicos e inorgánicos, una optimización de la energía de ese compuesto se realiza antes de iniciar un estudio.

Por ejemplo, si hacemos de la droga de los estudios de acoplamiento el uso de la aspirina, lo primero que hicimos fue tomar aspirina estructura química, y tenemos que optimizar. Así que ¿qué significa "optimización de la energía" significa, en el contexto de compuestos orgánicos e inorgánicos.

Es la optimización de la energía diferentes de materiales orgánicos e inorgánicos (por ejemplo,aspirina o nanopartículas de oro, respectivamente)?

Answer 1

En general, la optimización de la energía se realiza como proceso iterativo con los siguientes pasos repetir

1. calcular las fuerzas de los núcleos
2. mover los núcleos de acuerdo fuerzas conocido hasta el final de la estructura fueron menos tensa.

La mayoría se centran en la ciencia se centra en cómo primer paso se hace, como la elección del segundo paso no afecta a la estructura final, salvo los casos patológicos.

La diferencia principal es generalmente vinculado a las capacidades computacionales de 'sílice' disponible. La complejidad de la mecánica cuántica cálculos por lo general crece como $O(n^3)$, $O(n^4)$ o, incluso, $O(e^n)$ n, donde n es el número de átomos del mismo tipo en el sistema. Así, el más grande es el sistema, 'peor' aproximación se utiliza. Los sistemas biológicos son por lo general tan grande, que cualquier tipo de mecánica cuántica computación no es una opción en absoluto, por lo que "la mecánica molecular/dinámica" el método utilizado, con fórmulas empírica de fuerzas basado en las posiciones relativas de los átomos