¿Por qué MD (Molecular Dynamics) las simulaciones que se realizan a temperatura ambiente, para los propósitos del estudio de las proteínas?

Question

Todas las simulaciones MD que se citan en la literatura parecen realizarse a temperatura ambiente (~300 grados Kelvin), mientras que las enzimas son generalmente bioactivos a la temperatura corporal (~310 grados Kelvin).

Me pregunto por qué no usar simplemente 310 K para el MD de simulación? Yo sospecho que es porque la mayoría del agua que los modelos están diseñados específicamente para la temperatura de la habitación (es decir. TIP3P aguas).

Answer 1

Esto depende del organismo que usted está estudiando. Yo trabajo con Bac y humanos, he simulaciones de ejecución a 300 k y 310k. Búsqueda en el organismo que se va a trabajar y ajustar su temperamento para su simulación.

Answer 2

Usted quiere ser capaz de comparar la simulación con el mundo real, y que significa que usted (o buscar otras) in vitro experimentos, los cuales son predominantemente (al menos para empezar) realiza a temperatura ambiente debido a que es más simple. Además, usted quiere ser capaz de comparar los resultados de anteriores simulaciones (otro MD motor, variado sistema de química), y desea que al menos el mismo (nominal) de la temperatura y la presión en su simulación. 300K es el estándar, por lo que se adhieren a eso.

También lo que dice tu enzimas (, ... ), provienen de animales de sangre caliente?