No estoy del todo seguro de que esta pregunta pueda responderse en términos de física.
La razón es que todo Las teorías físicas son reducibles a combinaciones de estructuras de datos (por ejemplo, escalares, vectores, matrices, tensores) y comportamientos asociados. Las estructuras de datos y los comportamientos asociados son a su vez (y prácticamente por definición) entidades que pueden representarse dentro de cualquier sistema formal que tenga la suficiente riqueza y complejidad como para construir un Máquina de Turing dentro de ella. Incluso las cuestiones de física de impar como entrelazamiento cuántico puede ser modelado de esta manera, sólo que de manera muy ineficiente.
Así, el problema es que las teorías de conjuntos puros e impuros son ambas lo suficientemente ricas (¡fácilmente!) para construir máquinas de Turing. Cualquiera de las dos podría utilizarse para representar cualquier teoría física formal. Dado que los conjuntos puros son un poco más sencillos, esa sería (supongo) la ganadora entre las dos opciones.
Sin embargo, su verdadera pregunta puede ir más en la línea de preguntar si hay alguna única, atómico , cosas indivisibles o propiedades en la física que encajan mejor con los ureles que con los conjuntos puros. Preguntado así, yo diría que hay bastantes posibilidades de que las haya. La física aún no los ha encontrado, pero la estructura se simplifica a medida que se hace más pequeña. Por ejemplo, nada en la física parece estar por debajo de $1/3$ de una carga de electrones o menos de $1/2$ de una unidad de giro, por lo que algo firmemente "atómico" o "indivisible" puede con esas unidades.
Sin embargo, también me gustaría señalar que esas unidades más pequeñas en física tienden a venir en pares que se aniquilan mutuamente, no como simples adiciones. La idea de los pares que se aniquilan mutuamente no se ve típicamente en la forma de las adiciones positivas en la que se construyen los conjuntos, o al menos no es algo que haya visto en la teoría de conjuntos.
Así que, si quieres ampliar un poco la pregunta y decir "¿qué tipos de sistemas matemáticos parecen captar mejor la estructura natural de la física tal y como la observamos?", yo diría "algo que se basa en la creación y aniquilación, a muchos niveles diferentes, de pares de propiedades o entidades que se aniquilan mutuamente". Sería algo parecido a una versión más discreta del marco que se encuentra en teoría cuántica de campos .
No conozco específicamente ningún sistema formal de ese tipo en matemáticas, al menos no como parte de la búsqueda de bloques de construcción matemática más fundamentales como los conjuntos.