Reacciones que forman 6 miembros anillos más comúnmente ir a través de cualquiera de barco o de una silla de transición de estados , sino de los propios productos no necesariamente adoptar la misma conformación, como el TS.
Estoy intentando modelar un cyclisation en el que una amina ataques de un sistema de pi para formar un anillo nuevo, dando lugar a dos diasteromers dependiendo de la faz de la pi sistema es atacado.
Los productos han sido exploradas (MM conformación de búsqueda, a continuación, QM optimización de todos los bajos de la energía confórmeros) y son a la vez presidentes (el barco siendo significativamente alta en energía como para ser esencialmente despoblada).
En la reacción de interés no es prioridad en la literatura de estudios computacionales de que las reacciones pueden ir a través de cualquiera de los barcos o las sillas (dependiendo de la estructura exacta) y así yo ideal sería encontrar dos posibles estados de transición que conducen a cada diastereoisómero.
Mi plan inicial era empezar con el producto y trabajar hacia atrás (en el estado de transición está pensado para ser finales, lo que significa que debe ser similar en el producto) , el alargamiento de la unión por x angstroms (optimización en cada paso, mientras que limita la distancia) y, a continuación, busca un 'máximo' de la que me permitiría optimizar para un TS sin embargo esto no proporciona un método para mí encontrar el barco de TS.
¿Cómo ir sobre la búsqueda de todos los posibles estados de transición? Es válida para mí encontrar una alta energía de el barco de la conformación del producto y aplicar el mismo vínculo ejercicio de alargamiento?
