Creo que tu pregunta tiene muchas respuestas e interpretaciones, por lo que es una buena pregunta, pero muy difícil de responder. Así pues, mi respuesta será muy vaga y sencilla, aunque estoy dispuesto a ampliarla si es necesario.
La mecánica clásica tiene la ventaja de ser determinista, la mecánica estadística (aunque en teoría es clásica) y la mecánica cuántica no son deterministas, son estadísticas, como usted ha señalado. De ahí que empleen varios métodos estadísticos. Dicho esto, algunos son más eficaces que otros, por lo que la física utiliza estos métodos para elaborar sus propios métodos (es decir, ecuaciones) para resolver problemas concretos.
Por ejemplo, el método Montecarlo no sería muy productivo cuando se estudia el comportamiento de varias partículas en un espacio cerrado (¡imagínese ejecutar tantos cálculos!), en cambio la distribución Maxwell-Boltzmann, que se deriva de una serie de métodos estadísticos analíticos, es muy productiva. Otro ejemplo de cómo la física aplica la estadística para elaborar sus propios métodos, quizá más conocido, es el hecho de que la amplitud de probabilidad de encontrar una partícula descrita por $\Psi (x, t)$ a tiempo $t$ es $\Psi*\Psi$ concepto ampliamente utilizado en Mecánica Cuántica y física de partículas.
En conclusión, la física no utiliza un único método estadístico, sino que analiza varios métodos para elaborar métodos propios. Además, el "tipo" de estadística utilizada depende del campo, en particular de lo determinista que sea el área. Así, cuando se habla de QM se habla de forma estadística, pero cuando se habla de Mecánica Clásica (el periodo de un péndulo, por ejemplo :p) se habla de forma más determinista, por lo que se emplean pocos métodos estadísticos, o ninguno.
Si tiene alguna otra pregunta, póngase en contacto conmigo. ¡Espero que le sirva de ayuda!
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Esto parece una pregunta de lista. ¿Hay alguna forma de centrarla más?
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Para aclarar, la política permite las preguntas sobre libros, pero no tanto las preguntas sobre listas. Le sugiero que reorganice su pregunta para hacer el punto principal sobre los libros
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@Manishearth Mi pregunta es si merece la pena estudiar estadística avanzada para la física de no partículas (no sobre las herramientas concretas, así que no se busca lista). Y en caso afirmativo, libros de estadística con ejemplos físicos. Si algo es off-topic lo edito o lo borro del todo.
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@jinawee Oh, no es off topic, por lo que veo. Sólo digo que sería mejor que el énfasis principal de la pregunta fueran los libros.
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No hay libro (todavía), así que no puedo escribir una respuesta, pero en dinámica de fluidos se utiliza todo tipo de estadística. Olvidando todo el campo de la turbulencia, hay una enorme cantidad de trabajo que se realiza en la cuantificación de la incertidumbre en experimentos y numéricos; PCA y POD se utilizan para analizar los resultados; el modelado de orden reducido se utiliza para generar sistemas simplificados a partir de otros complejos... etc.
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Esto no cumple todos sus criterios, sin embargo este libro de Roger Barlow es una especie de biblia de la estadística para los físicos. El profesor Barlow es físico de partículas de profesión, aunque el libro tiene ejemplos con aplicaciones a todas las áreas. Creo que incluso puedes echarle un vistazo en Google Books, aunque obviamente lo dejo a tu conciencia...