Su ejemplo tiene un difícil problema relacionado con el momento angular (ver más abajo), pero me puede la dirección de el espíritu de la pregunta usando una forma mucho más simple ejemplo. Imaginémonos que tenemos una cámara que contiene dos gases, $A$$B$, de tal manera que $A$-$A$ los términos de interacción son iguales tanto en el $B$-$B$ los términos de interacción y la $A$-$B$ los términos de interacción. (No me duele imaginar las moléculas como el rojo y el azul esferas del mismo tamaño y peso.)
Ahora nos imaginamos el intercambio de algunas de las $A$ de moléculas con $B$ de moléculas de tal manera que el $A$ moléculas todos terminan en un lado de la cámara y todas las $B$ de moléculas en el otro. Debido a la suposición anterior, intercambio de dos partículas no cambia el total de energía, pero al hacer esto, hemos creado un sistema ordenado de trabajo que puede ser extraído. (Extracto de la obra de este sistema necesita un pistón que es permeable a $A$ moléculas pero no $B$ de moléculas, y otro pistón que sólo permeable a $B$ pero no $A$. Ver aquí para más detalles sobre cómo hacerlo, así como algunas otras cosas relevantes acerca de la relación entre el trabajo y la entropía.)
Ahora, ya podemos extraer de trabajo de este sistema, su cambio de peso debido a la $E=mc^2$ relación? Quizás sorprendentemente, la respuesta es no. Esto es debido a que el correspondiente $E$ es la energía interna del sistema (normalmente escrito $U$ en la termodinámica), y eso no ha cambiado.
El trabajo, que puede ser extraído de un sistema a una temperatura constante está dado por $U-TS$. Por la reordenación de los átomos hemos reducido el $S$, pero mantuvo $U$ constante. Cuando se extrae el trabajo de este sistema ordenado, su energía interna $U$ también se mantiene constante, pero la energía del medio ambiente , se reduce. Efectivamente, hemos de tomar el calor del medio ambiente, y convertirlo en un trabajo. Normalmente esto no está permitido por la segunda ley, porque la conversión de calor en trabajo podría causar una reducción de la entropía, pero a través de un uso inteligente de la semi-permeable pistones podemos compensar esa reducción de la entropía por un aumento en la entropía de la mezcla de gas.
El punto es que el $S$ término representa el trastorno (o, más correctamente, representa el opuesto de información - ver el artículo enlazado más arriba) y el $U$ término representa la energía. La masa de un objeto depende sólo de la $U$ plazo y no en el $S$ plazo, de modo que el orden y la masa/energía son en realidad bastante independiente de las cosas.
Lo difícil con su ejemplo de ello es que a pesar de mantener la energía constante, el cambio de las velocidades en la manera de describir agrega el momento angular del sistema. Cuando el impulso está involucrado, $E=mc^2$ ya no es estrictamente válida, y usted tiene que utilizar la totalidad de la energía-momentum relación
$$
E^2 = (pc)^2 + (mc^2)^2,
$$
donde $p$ es el momentum relativista. No sé cómo voy a hacer esto por su ejemplo. Puede o no puede ser el caso de que la masa efectiva iba a cambiar. Sin embargo, si no cambian es porque el impulso que ha cambiado, y no porque el sistema se ha vuelto más ordenado.