Esto depende de varias cosas. El análisis se realizó dentro del espacio de transformación, por lo que presentar los datos retrotransformados puede distorsionar las cosas (las medias no transformadas son sencillamente erróneas, pero volver a convertirlas en transformadas después de resumirlas, las medias, la varianza, etc. podría estar bien en ciertas situaciones). Supongo que lo primero que haría es ver cómo se ve cuando se hace la retrotransformación. ¿La retrotransformación cuenta exactamente lo mismo que los datos transformados? Si es así, probablemente esté bien presentarlo así. Si no es así, hay que presentar el resumen transformado.
Incluso si realiza la retrotransformación, debe dejar claro en la sección de resultados que el análisis se aplica a la transformación. Dices: "encontramos efectos significativos en el logaritmo de los datos", etc.
De todos modos, algunas transformaciones son variaciones de una medida arbitraria. Por ejemplo, se puede medir el tiempo de reacción en segundos y tener una media de 0,5. Normalmente, este tipo de datos tiene una cola hacia la derecha y, a veces, se puede normalizar simplemente tomando la inversa, por lo que ahora la media es de 2 respuestas por segundo. Es difícil argumentar que cualquiera de los dos represente de forma más significativa lo sucedido y además ambos son directamente expresivos y fáciles de interpretar.
Otra cosa que hay que tener en cuenta es que a veces los datos transformados son realmente más significativos. A veces es necesario transformar los datos parcialmente porque la transformación es la expresión más natural de la variable de respuesta.
Probablemente hay muchas cosas a tener en cuenta que ni siquiera he mencionado. Si te resulta difícil decidirte para tu problema concreto, haz la pregunta concreta sobre el tipo exacto de datos que tienes.