Bueno, la respuesta es bien conocida por supuesto. Para un módulo finitamente generado sobre un dominio noetheriano normal conmutativo TFAE
- M es reflexivo
- M es libre de torsión e igual a la intersección de sus localizaciones en los primos de codimensión 1
- M satisface la condición S2 de Serre y su soporte es Spec R.
- M es el dual de un módulo N generado finitamente
Como dices, un módulo proyectivo finito es lo mismo que un haz localmente libre en Spec R. De manera similar, un módulo reflexivo finito es lo mismo que la extensión de un haz localmente libre desde un subconjunto abierto U de Spec R cuyo complemento tiene codimensión $\ge2$.
Por lo tanto, toma un divisor Weil D que no sea Cartier, el haz divisorial asociado (correspondiente a un módulo R de rango 1) es reflexivo, no proyectivo. Tu ejemplo con una línea en un cono cuadrático es de esta forma.
Esto es estándar y se usa todo el tiempo en la geometría algebraica de dimensiones superiores en torno al Programa del Modelo Mínimo. Para una referencia antigua que cubre parte de esto, ver por ejemplo Bourbaki, Cap.7 Álgebra conmutativa, VII.