Sin duda, ir de Postgres.
PostGres+PostGIS es una completa base de datos espaciales, y tiene un montón de documentación, y usted encontrará fácilmente la ayuda de la gente en los foros y aquí.
MySQL fue tarde para el campo espacial, y carece de muchas características que hay en Postgre+PostGIS. Incluso la comunidad el uso de MySQL, espacial fines es pequeño cuando se compara a los usuarios de PostGIS. El futuro de MySql es también la pregunta, con la mayoría de los Desarrolladores Originales de tener bifurcada en el código, y se trasladó a otro proyecto llamado MariaDB.
Para obtener más información, echa un vistazo a estas dos preguntas: PostgreSQL vs MySQL - Ventajas / Desventajas con un componente espacial y MySQL vs PostgreSQL aplicación espacial