Conocer las tres dimensiones del color puede ser útil. Si utilizas varios colores, lo ideal es que se diferencien en varias de esas dimensiones, no solo en una.
Valor. El gráfico debe seguir siendo legible incluso en blanco y negro. Esta sencilla regla debería tener en cuenta el daltonismo, las impresoras de baja calidad y las malas condiciones de iluminación. Incluso si utilizas diferentes tonalidades, asegúrate de que los valores son lo suficientemente diferentes. En particular, los gráficos deben ser oscuros sobre un fondo claro (o lo contrario), pero no grises sobre un valor gris. El peor ejemplo sería un gráfico azul sobre un fondo rojo: ambos son valores medios, es decir, darían grises muy similares tras la conversión en blanco y negro.
Saturación. La saturación debe utilizarse con moderación: una línea roja pura puede estar bien, pero una línea roja más gruesa más gruesa y menos saturada será más legible (el mayor grosor ayuda a distinguir los colores y permite reducir la saturación). Por otra parte, un área roja pura es dolorosa de ver: no utilice colores saturados para rellenar áreas. La página web Paletas de colores para cerveceros (diseñados para mapas, no para gráficos de líneas) dan ejemplos de opciones de color de baja saturación. El peor ejemplo sería, de nuevo, un fondo saturado (azul sobre rojo o rojo sobre azul).
Tono. Como menciona @gung, evita la combinación rojo/verde (semáforos): hay mucho más daltónicos de lo que crees. Especialmente con el tono, menos es más. Por ejemplo, para trazar valores "divergentes" (es decir, cantidades que pueden ser positivas o negativas), utilice sólo dos tonos (para los valores positivos y negativos), para que el lector pueda distinguir inmediatamente lo que es alto y lo que es bajo. El uso de un gradiente discreto puede dar lugar a un gráfico mucho más legible: los límites entre los colores se hacen visibles y forman un gráfico de contorno.
Tal vez quiera leer el libro de S. Few Reglas prácticas para utilizar el color en los gráficos o consultar cualquier material sobre "Teoría del color" para estudiantes de arte o diseño.