Tienen diferentes tipos .
"Igual" e "idéntico" toman como entrada dos elementos de un set y devuelve un valor de verdad. Ambos significan lo mismo, que es lo que crees que significan. Por ejemplo, podemos considerar el conjunto $\{ 1, 2, 3, \dots \}$ de números naturales, y luego $1 = 1$ es cierto, $1 = 2$ es falso, y así sucesivamente.
"Equivalente" toma como entrada dos elementos de un _junto con un relación de equivalencia_ y devuelve un valor de verdad correspondiente a la relación de equivalencia. Por ejemplo, podemos considerar el conjunto $\{ 1, 2, 3, \dots \}$ de los números naturales junto con la relación de equivalencia "tiene el mismo resto al dividir por $2$ y luego $1 \equiv 3$ es cierto, $1 \equiv 4$ es falso, y así sucesivamente. El punto crucial aquí es que una relación de equivalencia es una estructura extra en un conjunto. No tiene sentido preguntar si $1$ equivale a $3$ sin especificar de qué relación de equivalencia estás hablando.
"Isomorfo" toma como entrada dos objetos en un [categoría](http://en.wikipedia.org/wiki/Category%28mathematics%29)_ y devuelve un valor de verdad correspondiente a si un isomorfismo entre los dos objetos existe. Por ejemplo, podemos considerar la categoría de conjuntos y funciones, y entonces el conjunto $\{ 1, 2 \}$ y el conjunto $\{ 3, 4 \}$ son isomorfos porque el mapa $1 \to 3, 2 \to 4$ es un isomorfismo entre ellos. El punto crucial aquí es, de nuevo, que una estructura de categoría es una estructura extra sobre un conjunto (de objetos). No tiene sentido preguntar si dos objetos son isomorfos sin especificar de qué estructura de categoría se está hablando.
Aquí hay un lugar terrible donde esta distinción importa. En Teoría de conjuntos ZF además de poder preguntar si dos conjuntos son isomorfos (lo que significa que están en biyección el uno con el otro), también es una pregunta con sentido preguntar si dos conjuntos son igual . La primera implica la estructura de la categoría de conjuntos, mientras que la segunda implica el "conjunto" de conjuntos (no es realmente un conjunto, pero ese no es el problema aquí). Por ejemplo, $\{ 1, 2 \}$ y $\{ 3, 4 \}$ son conjuntos particulares en ZFC que no son el mismo conjunto (porque no contienen los mismos elementos; eso es lo que significa que dos conjuntos en ZFC sean igual ) aunque estén en biyección entre sí. Esta distinción puede hacer tropezar a los incautos si no tienen cuidado.
(Mi convicción personal es que, en primer lugar, nunca se debería permitir plantear la pregunta de si dos conjuntos desnudos son iguales. Básicamente, nunca es la pregunta que se quiere hacer en realidad).