He utilizado Amber solvatebox función con un pequeño polipéptido y tip3p de agua con una distancia de 15 angstroms entre la molécula y el borde de la caja.
Después me encontré dinámica, traté de ver la salida por la extracción de agua de la vista en Jmol, pero tuve un momento muy difícil girar el polipéptido. Cuando me vieron con el agua, me encontré con que la dificultad en la rotación fue debido a que el radio de rotación (son esas las palabras adecuadas?) era muy grande debido a que algunas aguas flotaban en la distancia.
Quiero quitar estos vagabundos aguas. ¿Cómo puedo hacerlo? Acabo de abrir la salida y quitar esas aguas mediante la eliminación de líneas que contienen la información para que las aguas?
