En los primeros días de la relatividad especial se observó que la masa de un objeto que parecía aumentar a medida que la velocidad del objeto se acercó a la velocidad de la luz. Era común ver a la notación $m_0$ se utiliza para el resto de la masa y $m$ para el relativista de la masa. En este sentido, la ecuación de $E = mc^2$ siempre es cierto.
Sin embargo, el concepto de masa relativista es obsoleto en estos días, principalmente porque ha causado confusión a generaciones de estudiantes de física. En estos días sólo se usa el símbolo $m$, y que siempre se refiere a la masa de reposo. Por lo $E = mc^2$ sólo es cierto en el marco del resto de los objetos, y ahora usamos la ecuación que usted menciona. Habiendo dicho esto, en la vida cotidiana de las velocidades tienden a ser bajos en comparación con la velocidad de la luz. Por ejemplo si estás en el cálculo de la energía liberada por un reactor nuclear, a continuación, el uso de $E = mc^2$ donde $m$ es el déficit de masas, es una excelente aproximación.
Como usted dice, la ecuación:
$$ E^2 = p^2c^2 + m^2c^4 $$
funciona para los fotones, mientras que en la vieja ecuación no.