¿Cómo cuantificar analíticamente el potencial de una sustancia química para intercalar el ADN?

Question

Este muestra que los polifenoles (como la quercetina) tienen el potencial de intercalar el ADN, pero con una potencia 100 veces menor que la del bromuro de etidio. ¿Cómo se mide/cuantifica analíticamente "100 veces más débil"?

También estoy interesado en cómo esto podría aplicarse para el compuesto 9-fluorenol (hidrafinilo) - y de la potencia relativa del 9-fluorenol y la quercetina en la intercalación del ADN.

Answer 1

Nuestro laboratorio utiliza un ensayo de exclusión del naranja de tiazol para medir la eficacia de nuestro péptidos polintercalantes * se unen al ADN. El ensayo funciona mezclando el naranja de tiazol con el ADN para que se vuelva fluorescente. Luego se mide la fluorescencia mientras se titula en péptido y la pérdida de flourescencia indica la unión. Esto se debe a que el naranja de tiazol sólo es fluorescente cuando está intercalado en el ADN, y cuando el compuesto competidor lo desplaza, el tiazol libre deja de ser fluorescente. Tenga en cuenta que este ensayo no es infalible, los compuestos policationes pueden condensar el ADN sin intercalarse, pero este cambio de conformación sigue forzando al tiazol a salir y reduce la fluorescencia, por lo que la pérdida de fluorescencia implica unión, no necesariamente intercalación. Este método también funciona para el ARN, pero se necesitará más tiazol para ver la señal porque normalmente hay menos dobles hélices en las que intercalar.

Otro método consiste en medir la viscosidad, ya que intercaladores hacer que el ADN sea más largo y que la solución se vuelva más viscosa, pero se necesita un método muy sensible para medir el cambio o una solución de ADN muy concentrada, y la viscosidad probablemente también puede cambiarse condensando el ADN.

Otro método posible podría ser anisotropía fluorescente si su intercalador es fluorescente. Giraría rápidamente fuera del ADN, pero se ralentizaría una vez que se uniera a la doble hélice. Sin embargo, los cambios conformacionales en el ADN pueden cambiar su velocidad de rotación y confundir los resultados.

• Ese artículo no menciona realmente el ensayo, es sólo para mostrar los péptidos para que entiendas un poco más de qué estoy hablando. Esos péptidos también se unen por interacción electrostática y condensan el ADN, así que no es una medida pura de intercalación.