Herramienta de línea de comandos de Python para obtener la estructura química

Question

En Química computacional, necesitamos proporcionar una estructura molecular inicial para empezar nuestros cálculos. ¿Hay alguna manera de conseguir que una base de datos química? Decir, quiero ejecutar el H2, llamaría algo así como

url="www.chemicaldatabase.com"
H2=(url,H2)

o puede usar sonrisa / otros estándar de símbolos para la representación química.

Answer 1

Existen varios enfoques en Python.

Mi sugerencia sería el uso de un cheminformatics biblioteca como Abrir Babel o RDKit para convertir de SONRISAS (por ejemplo) a las coordenadas 3D.

Si quiere agarrar a partir de bases de datos químicas, puedo sugerir dos enfoques:

• CIRPy - Utiliza el NIH química de resolución para convertir de nombres, SONRISAS, etc. en estructuras 3D.
• Webel - Esta es una web basada en herramienta de cheminformatics. Lo he utilizado en el pasado, pero no estoy seguro de si todavía se mantiene.

Existen otras bases de datos, incluyendo mi PQR y PubChemQC que ofrecen QM-geometrías optimizadas.

La captura con bases de datos es que puede que desee que la geometría de una molécula que no está en la base de datos. En ese caso, Abrir Babel o RDKit es una mejor solución.

Otra advertencia. Nada de lo que yo he indicado anteriormente hace un muy buen trabajo con el metal de las especies que contienen. Si desea ferroceno, que es un poco más complicado problema con las soluciones actuales.

Answer 2

Si después de química cuántica Psi4 ofrece una solución todo-en-uno:

import psi4

mol = psi4.geometry("""
    pubchem:Water
""")

mol.print_out()

scf_e = psi4.energy("SCF", molecule=mol)