Sí, incluir ambos viola ciertas propiedades estadísticas. El pggls
La documentación indirectamente dice exactamente eso:
Por el contrario, esta estructura se supone idéntica en todos los grupos y por lo tanto la estimación general de FGLS es ineficaz bajo el criterio de grupo heteroskedasticidad. Obsérvese también que este método requiere la estimación de T(T+1)/2 parámetros de varianza, por lo que la eficiencia requiere N > > T (si effect="individual", si no, lo contrario).
FGLS requiere un estimador de la matriz de covarianza de las perturbaciones de regresión. Para el modelo de datos del panel de efectos individuales:
$$y_{it} = x_{it} \beta + c_i + u_{it},$$
donde $c_{i}$ es un efecto individual, se supone que $u_{it}$ son independientes de $u_{jt}$ para cada uno $i \neq j$ así que te quedas con $ \frac {T(T+1)}{2}$ covarianzas $ \text {cov}(u_{it},u_{is})$ .
Para el modelo de datos del panel de efectos de tiempo:
$$y_{it} = x_{it} \beta + d_t + u_{it},$$
donde $d_t$ es un efecto del tiempo, se supone que $u_{it}$ son independientes de $u_{is}$ para cada uno $t \neq s$ así que te quedas con $ \frac {N(N+1)}{2}$ covarianzas $ \text {cov}(u_{it},u_{is})$ .
Ahora, si tienes tanto tiempo como efectos individuales:
$$y_{it} = x_{it} \beta + c_i + d_t + u_{it},$$
surge la pregunta de qué covarianzas $ \text {cov}(u_{it},u_{js})$ son cero? Si asumes que todos ellos no son cero, te quedas con $ \frac {NT(NT+1)}{2}$ parámetros desconocidos con $NT$ puntos de datos, lo que hace que el problema no sea factible.
Nota 1. La mención de la asunción de la independencia se puede relajar a cero covarianzas.
Nota 2. Tanto en el efecto individual como en el efecto temporal hay $NT$ puntos de datos. El FGLS es un procedimiento asintótico y requiere que el número de puntos de datos aumente, mientras que el número de parámetros permanece fijo. Para los efectos individuales, por lo tanto, el $N$ debe aumentar, y para efectos de tiempo $T$ debe aumentar. La mayoría de las veces estos requisitos se satisfacen para fuentes de datos totalmente diferentes, por lo que la respuesta a su problema depende de su fuente de datos. Es más probable que $N$ está aumentando o $T$ ? Ya que mencionas los maniquíes del tiempo, sospecho que $N$ está aumentando, por lo que sugiero usar maniquíes de tiempo.