Debería escribirse con paréntesis para evitar la ambigüedad, sí. Si piensas en el símbolo "suma" como una función, tiene sentido:
$$ \sum(\cdot) $$
Esta es una función que toma una lista $\{x_1,x_2,\ldots\}$ de números (u otros objetos matemáticos que se quieran sumar), y los suma en orden. Esta lista puede ser finita o infinita: la función "suma" calcula la longitud de la lista y ajusta su indexación en consecuencia (es decir, si hay 10 cosas en la lista, su índice irá de $1$ a $10$ ).
Si quieres añadir una secuencia que es a su vez la suma de dos secuencias, como tu ejemplo de $\{x_1+y_1,x_2+y_2\}$ tendrás que colocar toda la secuencia en la función:
$$ \sum(\{x_1+y_1,x_2+y_2\})=\sum_{i=1}^2(x_i+y_i) $$
Para las sumas finitas de números, se siempre tienen la propiedad de que
$$ \sum(\{x_1,x_2,\ldots\}+\{y_1,y_2,\ldots\})=\sum(\{x_1,x_2,\ldots\})+\sum(\{y_1,y_2,\ldots\}) $$ Sin embargo, lo siguiente tendría una interpretación diferente:
$$ \sum(\{x_1,x_2,\ldots\})+\{y_1,y_2,\ldots\} $$
De ahí el paréntesis.
Una nota complementaria interesante y más avanzada: ¡la "ruptura" de una suma no siempre funciona si las secuencias son infinitas!