Se han publicado dos respuestas excelentes, pero tu pregunta parece sugerir que podrías entender que hay raíces complejas y objetar su inclusión en el conjunto fundamental de soluciones. Si ese es el caso, intentaré explicarlo aquí.
Los apuntes matemáticos en línea de Paul hacen un buen trabajo al describir cómo $e^{rt}, r \in \mathbb{C}$ realmente "producen" soluciones de valor real, así que lo publicaré aquí primero. http://tutorial.math.lamar.edu/Classes/DE/ComplexRoots.aspx
Sin embargo, creo que hay otra explicación que es realmente bonita, y viene del hecho de que las CCLDEs actúan como operadores lineales sobre las soluciones (las CCLDEs implican una diferenciación repetida, y la diferenciación es una operación lineal) - esperemos que estés familiarizado con lo que es un operador lineal, pero si no, se puede explicar. Si representamos una ecuación diferencial como un operador lineal $L$ entonces las soluciones a esa ecuación diferencial son funciones $y$ tal que $L(y) = 0$ . Desde $L$ es lineal, se deduce que si $L(af(x) + bg(x)) = 0$ (donde $a$ y $b$ son constantes), entonces $aL(f(x)) + bL(g(x)) = 0$ . Por lo tanto, si $\cos x + i\sin x$ es una solución de nuestro CCLDE, entonces se deduce que $L(\cos x + i \sin x) = 0$ y así $L(\cos x) + iL(\sin x) = 0$ . Pero $L(\cos x)$ y $L(\sin x)$ son de valor real, por lo que debemos tener que $L(\cos x) = 0$ y $L(\sin x) = 0$ . Así que $\cos x$ y $\sin x$ están en el conjunto fundamental de soluciones.
Esto puede ser un poco exagerado, pero espero que ayude. (Si alguien se da cuenta de algún error garrafal en mi explicación, por favor, edítelo).