Me gustaría probar algunas de las siguientes cosas (en orden de relevancia):
1.Reinicie ArcMap y tratar de publicar de nuevo - el almacén de datos puede que no se han actualizado para la sesión de ArcMap.
2.Al agregar los datos de un Servidor SQL server Express (en Servidores de Base de datos), asegúrese de que su ruta de datos es idéntico a lo que usted ha registrado el almacén de datos. I. e., ".\SQLExpress" no es lo mismo que "servername\SQLExpress" cuando se registra un almacén de datos - recuerdo haber tenido este problema yo mismo. Yo nunca uso el ".\" en las conexiones > usar el nombre de la máquina tanto al registrar los datos de la tienda y al establecer la conexión a una instancia de SQL Server Express en la Base de datos de los Servidores de la sección.
2a. Asegúrese de que como Sunil mencionó que la Cuenta de ArcGIS Server tiene los permisos al menos para leer los datos. Haga doble clic en Servidores de Base de datos en el árbol de Catálogo. Haga clic derecho en el servidor de base de datos que contiene la geodatabase y haga clic en Permisos. Haga clic en Agregar Usuario y agregar la cuenta de ArcGIS for Server. Haga clic en ACEPTAR. Haga doble clic en el mismo servidor de base de datos. Haga clic derecho en la geodatabase, haga clic en Administración, a continuación, haga clic en Permisos. Haga clic en la cuenta de ArcGIS for Server para seleccionarlo y elegir el nivel de permisos que desea tener.
3.Reinicie el Servidor de ArcGIS servicio de Windows.
4.Reinicie la máquina.
Después de volver a háganos saber lo que tiene (si) ayudó.