La ventaja de utilizar el PCA en el dominio de la frecuencia es que permite elegir un conjunto de pesos aprovechando las correlaciones cruzadas entre las señales en determinados ciclos. Por ejemplo, (según el ámbito de aplicación) el comportamiento de las variables estudiadas puede ser diferente a corto, medio y largo plazo. La utilización del ACP en el dominio de la frecuencia permitirá elegir las ponderaciones en función de la frecuencia.
La diferencia entre el ACP en el dominio del tiempo y el dominio de la frecuencia puede entenderse en términos de cómo se calculan los valores propios. En el dominio del tiempo, se utiliza la matriz de correlación. En el dominio de la frecuencia, se utiliza la transformada de Fourier de la matriz de correlación o la matriz de densidad espectral para calcular los valores propios.
Para las aplicaciones técnicas del uso de PCA en el dominio de la frecuencia, hay una descripción en el libro de Jolliffe,I.T(2002), Principal Component Analysis, 2nd Edition. Aquí hay una enlace a la página correspondiente.
En cuanto a tu segunda pregunta, he entendido que el ACP en sí mismo es un método para encontrar combinaciones de variables que extraigan la máxima información de los datos maximizando la varianza de los componentes principales. Por lo tanto, no parece tratar ninguna información cíclica o de frecuencia en los datos.