Cholesky, suena como una buena opción por la siguiente razón: una vez que has hecho el de la factorización de Cholesky para obtener $C=LL^T$ donde $L$ es triangular, $x^TC^{-1}x = ||L^{-1}x||^2$, e $L^{-1}x$ es fácil de calcular, debido a que es un sistema triangular. Las desventajas de esto es que incluso si $C$ es escasa, $L$ es, probablemente, densa, y también que hacer la misma cantidad de trabajo para todos los $C$$x$, mientras que otros métodos puede permitir que usted para explotar alguna estructura especial y obtener buenas aproximaciones a la solución con menos trabajo. Por esas razones, también podría considerar la subespacios de Krylov métodos para calcular $C^{-1}x$, como conjugar los gradientes (desde $C$ es simétrica y definida positiva), especialmente si $C$ es escasa. $n=250$ no es terriblemente grande, pero todavía lo suficientemente grandes como subespacios de Krylov métodos se podría pagar si $C$ es lo suficientemente escasa. (No podría ser en realidad los métodos especiales de computación $x^TC^{-1}x$ a sí misma como opuesta a $C^{-1}x$, pero no sé de ninguna.)
Edit: Ya que usted se preocupa por la estabilidad, permítanme dirección: Cholesky es bastante estable, como nota. Conjugar los gradientes es notoriamente *onu*estable, sino que tiende a funcionar de todos modos, al parecer.