¿Algún programa para la búsqueda conformacional de azúcares?

Question

Quiero estimar la energía libre media de Gibbs de formación de la glucosa y para ello pienso en conformadores de anillo de vuelta debe tenerse en cuenta. ¿Sabes si algún programa gratuito puede encontrar esas estructuras automáticamente? (por ejemplo Balloon).

La siguiente imagen muestra los conformadores que necesito conseguir. Estoy tratando de evitar la posibilidad de dibujarlo.

Answer 1

Utilizar RDKit

Parece que sólo estás considerando herramientas de generación de conformadores gratuitas o de código abierto. En ese caso, recomiendo encarecidamente el uso de RDKit, ya que los métodos de geometría de distancia (y a su vez ETKDG) generarán intrínsecamente todas las geometrías de anillo posibles. Eso incluye no sólo las dos formas de silla que indicas, sino todas las posibles formas de anillos.

Hay otras herramientas gratuitas que hacen esto, pero RDKit ha demostrado repetidamente ser la mejor o una de las mejores herramientas gratuitas de generación de conformadores. (Basado en los puntos de referencia actuales).

• "Conjunto de datos de alta calidad de conformaciones de ligandos unidos a proteínas y su aplicación a la evaluación comparativa de generadores de conjuntos de conformadores". Modelo J Chem Inf 2017 57 , 529-539.
• "Métodos de generación de conformadores de libre acceso: ¿qué tan buenos son?" Modelo J Chem Inf 2012 , 52 (5), 1146-1158.

Yo abogaría por el nuevo método ETKDG con RDKit, ya que parece producir geometrías algo mejores.

Answer 2

No conozco ningún programa que lo haga, a no ser que quieras hacer tú mismo un PMF, pero, de paso, aquí tienes un estudio sistemático de la energética del fruncimiento de azúcares monosacáridos: Heather B. Mayes, Linda J. Broadbelt, y Gregg T. Beckham, J. Am. Chem. Soc. 2014, 136 (3), 1008-1022. DOI: 10.1021/ja410264d . Puede que encuentre aquí la información que busca.