Creo que su enfoque a través de los polinomios ciclotómicos $\Phi_d (X)$ es engañoso, porque su irreductibilidad es una propiedad "global" (todos los primos intervienen), mientras que su pregunta aquí es una "local" (un primo fijo $p$ se da). Empecemos de nuevo y escribamos $n=p^r m$ , $p$ no dividir $m$ . Entonces, como en la respuesta de @Jyrki Lahtonen, $X^n - 1 = (X^m - 1)^{p^r}$ en $\mathbf F_p [X]$ por lo que sólo tenemos que estudiar la descomposición de $X^m - 1$ . Por la teoría de Galois, esto equivale a estudiar la extensión $\mathbf E =\mathbf F_p(\zeta_m)$ en $\mathbf F_p$ , donde $\zeta_m$ es una primitiva $m$ -en la raíz de la unidad. Si $f$ es el grado de $\mathbf E/\mathbf F_p$ por la teoría de los campos finitos, $G =Gal(\mathbf E/\mathbf F_p)$ es cíclico de orden $f$ generado por el automorfismo de Frobenius $\sigma_p$ definido por $\sigma_p(x) = x^p$ . De ello se desprende que $f$ es el orden de $p$ mod $m$ (cp. su comentario sobre los factores irreducibles de $\Phi_d (X)$ mod $p$ ) y $G$ puede identificarse con un subgrupo cíclico de orden $f$ de $(\mathbf Z /m\mathbf Z)^*$ . Queda por deducir de esto la descomposición de $X^m - 1$ en $\mathbf F_p [X]$ .
Para cualquier $d$ dividiendo $m$ , dejemos que $\zeta_d$ sea cualquier primitiva $d$ -raíz de la unidad. Como $G$ permuta transitivamente las raíces primitivas $\zeta_d$ (que son todos distintos porque $p$ no divide $m$ ), el polinomio $\Psi_d (X) :=$ producto de la $(X - \zeta_d)$ pertenece a $\mathbf F_p [X]$ y $X^m - 1$ es el producto sobre todos los $d$ dividiendo $m$ de la $\Psi_d (X)$ 's. Además $\Psi_d (X)$ es irreducible : supongamos que se descompone como un producto $g_1. ... g_s$ de distinto polinomios irreducibles en $\mathbf F_p [X]$ (sin potencia porque todos los ceros son simples); si $\zeta$ es una raíz de $g_1$ (para que $g_1$ es el polinomio mínimo de $\zeta$ en $\mathbf F_p$ ), entonces $\zeta ^p$ será una raíz de algún $g_j$ pero como $g_j (\zeta ^p)=(g_j(\zeta))^p=0$ , $g_1$ dividirá $g_j$ Así que $g_1 = g_j$ hasta una constante multiplicativa, una contradicción.
En conclusión, la descomposición de $X^m - 1$ en $\mathbf F_p [X]$ es el producto de todos los $\Psi_d (X)$ 's para $d$ dividiendo $m$ . Este es el análogo (pero no la reducción) mod $p$ de la descomposición de $X^m - 1$ en el producto de los polinomios ciclotómicos $\Phi_d (X)$ .