¿Validación de la _atom_site_frac_: gama fuera de [0, 1)?

Question

Tengo el siguiente archivo cif

loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
...
Al2 Al -0.35936(1) -0.08768(9) -0.24188(8)
Al3 Al -0.27044(1) -0.35380(9) -0.13044(8)
F1 F -0.5320(2) -0.2015(2) -0.3794(2)
F2 F -0.3800(2) -0.2437(2) -0.1891(2)
F3 F -0.0350(2) 0.0944(2) 0.1528(2)
...
N3 N 1.2782(3) 0.7260(3) 0.3726(3)
...
C2 C 1.0165(4) 0.6764(4) 0.2267(3)
C3 C 1.1053(4) 0.6806(4) 0.3576(3)
...
H1 H 1.015(4) 0.603(4) 0.147(3)
...
H6 H 1.068(6) 0.773(6) 0.220(5)
H7 H 1.100(5) 0.761(5) 0.441(4)
...
H10 H 1.303(5) 0.653(4) 0.319(4)
...
H12 H 1.070(5) 0.574(5) 0.364(4)
...
H16 H 1.328(6) 0.749(6) 0.471(5)
H17 H 1.313(5) 0.801(4) 0.348(4)

Es de interés el hecho de que muchos de estos "fracciones" de la la longitud de la célula es mayor que 1, y muchos son negativas. A mi sensibilidad de estos átomos se encuentran fuera de la celda unidad.

Debe la UICR definición de _atom_site_fract_x estado que the permitted range is 0.0 -> 1.0, pero se olvidó?

Si estos átomos se descarta, en caso de ser mod había en la celda unidad, o deben ser interpretados de alguna otra manera?

Answer 1

Todo debe estar bien. La primera Al átomo en la lista (no se muestra) está establecido arbitrariamente en (0,0,0) por lo que sólo podría agregar una de las constantes de este (y la misma para todos los otros átomos, por supuesto) si no te gusta valores negativos, etc. Pero si deja las cosas como son y el trabajo de coordenadas xyz mediante el conocido matrices de transformación y la unidad de la célula params dado, usted debe tener la estructura. Como sucede, en esta estructura de la celda unidad de límite a través de recortes de la molécula. La celda unidad es sólo la repetición del patrón, no tiene ningún significado físico de por sí.