Parcela de índice para cada grupo clasificado por la silueta

Question

Después de un análisis de cluster estoy tratando de parcela para cada clúster el Índice de la trama de la Silueta de valor en lugar de para el conjunto de datos completo (como en el WeightedCluster Biblioteca Manual de Matthias Studer). Primero de todo, es que teóricamente correcto? Si, sí...

Puedo crear el objeto "sil" con el wcSilhouetteObs comando:

sil <- wcSilhouetteObs(distance.matrix, cluster.object)

Entonces me trama el Índice de la Parcela para el conjunto de datos completo (esta línea funciona, incluso si me puedo etiquetar los grupos, pero por ahora no me importa):

seqIplot(seq.data, group = group.p(cluster.object), sortv = sil)

Pero cuando voy a intentar trazar el Índice de parcela ordenados por la silueta que no sé (pero como dije no estoy seguro de que su teoría correcta...) cómo imponer la restricción para el grupo argumento seleccionando sólo la silueta de valores por ejemplo, para el primer grupo.He creado un objeto de secuencia para cada grupo por separado (digamos, por ejemplo cluster1.seq), pero ¿qué debo hacer entonces?

Gracias! Emanuela

Answer 1

La silueta se calcula para cada observación de la $i$

$s(i) = \frac{b(i) - a(i)}{\max(a(i), b(i))}$

donde $a(i)$ es el promedio de la diferencia con los miembros del clúster al que $i$ pertenece, y $b(i)$ la media mínima diferencia a los miembros de otro grupo.

La silueta de valores de los miembros de un clúster $k$ están en la misma posición que los valores de $k$ en la pertenencia al clúster de vectores cluster.object. Así que usted no tiene nada que hacer. Su seqIplot comando producir automáticamente un índice de parcela para cada cluster con las secuencias ordenadas por su silueta de los valores en cada grupo.

Las secuencias se ordenan de abajo a arriba, desde la más baja a la más alta silueta de valor, lo que significa que las secuencias con la mejor silueta de valores para cada clúster están en la parte superior de las parcelas.

Espero que esto ayude.