Un ejemplo simple es un conjunto con cuatro elementos,$S = \{a, b, c, d\}$. Vamos a definir un orden parcial, de modo que $a$ es el elemento más pequeño, $d$ es el elemento más grande, y $b$ $c$ son intermedios elementos que son incomparables con otros. La relación $R \subset S \times S$ donde $(x,y) \in R \Leftrightarrow x \leq y$ está dado por
$$
R = \{(a,a), (a,b), (a,c), (a,d), (b,b), (b,d), (c,c), (c,d), (d,d)\}.
$$
Lo voy a dejar para comprobar que esto es en realidad es un orden parcial.
La cosa importante a tener en cuenta es que ni $b \leq c$ ni $c \leq b$ es verdadera, por lo $R$ no es un orden total.
EDIT: Como A. Rex astutamente señala en los comentarios, el ejemplo más sencillo sería tomar sólo $S = \{b,c\}$ con el orden parcial de la relación de $R = \{(b,b), (c,c)\}$. A continuación, $b$ $c$ son incomparables, por lo $R$ no es un orden total.